More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2988 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  100 
 
 		 416 aa  843    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  70.18 
 
 		 413 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  69.79 
 
 		 412 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  50.5 
 
 		 418 aa  389  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.86 
 
 		 421 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  50.56 
 
 		 440 aa  363  3e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  47.37 
 
 		 418 aa  362  9e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.29 
 
 		 417 aa  360  2e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  49.29 
 
 		 417 aa  360  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  31.4 
 
 		 415 aa  179  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.6 
 
 		 384 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.33 
 
 		 384 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5320  heavy metal cation tricomponent efflux protein ZniB  31.49 
 
 		 404 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.666286 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.05 
 
 		 384 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.05 
 
 		 384 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  29.78 
 
 		 375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  31.09 
 
 		 382 aa  157  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  30.92 
 
 		 388 aa  157  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  30.75 
 
 		 386 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  30.86 
 
 		 390 aa  153  5e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  31.68 
 
 		 384 aa  149  8e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1177  secretion protein HlyD  30.06 
 
 		 397 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 		 382 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 		 382 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  29.58 
 
 		 451 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  29.08 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  29.6 
 
 		 405 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 		 456 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  31.12 
 
 		 384 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2753  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 		 416 aa  144  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.853922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  28.13 
 
 		 468 aa  143  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3448  hypothetical protein  63.81 
 
 		 157 aa  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.286089 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.12 
 
 		 359 aa  142  9e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.2 
 
 		 376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  28.44 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  27.83 
 
 		 500 aa  136  8e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  27.05 
 
 		 365 aa  136  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 465 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  26.33 
 
 		 629 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0918  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 366 aa  134  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.581959 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 403 aa  133  5e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 410 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  31.64 
 
 		 253 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  29.75 
 
 		 527 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  30.67 
 
 		 504 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  27.58 
 
 		 472 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  28.81 
 
 		 581 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 383 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  30.61 
 
 		 344 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  25.4 
 
 		 377 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  26.14 
 
 		 404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  23.95 
 
 		 472 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  26.36 
 
 		 650 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 		 705 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  29.32 
 
 		 423 aa  126  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  27.64 
 
 		 399 aa  126  7e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  29 
 
 		 382 aa  126  8.000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2732  RND family efflux transporter MFP subunit  24.49 
 
 		 361 aa  125  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0844309  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  28.4 
 
 		 424 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0039  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.5 
 
 		 671 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  28.3 
 
 		 398 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0686  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.01 
 
 		 380 aa  125  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268178 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  27.71 
 
 		 526 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 460 aa  124  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 455 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 		 500 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  31.55 
 
 		 371 aa  124  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0830  cation eflux system protein  26.71 
 
 		 368 aa  123  5e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0187806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 502 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 512 aa  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 537 aa  122  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 406 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 406 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 455 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1301  RND family efflux transporter MFP subunit  26.22 
 
 		 419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.837432  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 467 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 		 359 aa  120  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0105666  normal  0.0985719 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  27.78 
 
 		 405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 538 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 525 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  26.36 
 
 		 502 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  29.01 
 
 		 402 aa  120  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  29.74 
 
 		 385 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 		 537 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  30.7 
 
 		 402 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  27.61 
 
 		 418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11703  putative cation efflux system transmembrane protein  28.31 
 
 		 578 aa  118  1.9999999999999998e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.728459  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.98 
 
 		 374 aa  118  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  27.6 
 
 		 504 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0354  RND family efflux transporter MFP subunit  30.58 
 
 		 518 aa  118  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.43 
 
 		 568 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  27.11 
 
 		 625 aa  117  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0579  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.42 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.087454  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0747  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.72 
 
 		 405 aa  117  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 		 640 aa  117  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.43 
 
 		 526 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  26.06 
 
 		 529 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  25.76 
 
 		 509 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2746  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.58 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>