More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0007 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0007  secretion protein HlyD  100 
 
 		 378 aa  763    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0298949  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  26.38 
 
 		 368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  23.86 
 
 		 365 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  25.93 
 
 		 432 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.6 
 
 		 368 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3245  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.28 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6239  putative cation efflux membrane fusion protein  24.28 
 
 		 375 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2800  secretion protein HlyD  23.88 
 
 		 356 aa  93.2  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.278622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  24.3 
 
 		 502 aa  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  25.09 
 
 		 405 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 		 376 aa  89.4  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  27.31 
 
 		 440 aa  87  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  23.85 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  23.97 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  24.69 
 
 		 382 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  25.68 
 
 		 382 aa  81.3  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.6 
 
 		 507 aa  80.1  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  25.41 
 
 		 489 aa  79.7  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  26.5 
 
 		 371 aa  79.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  26.94 
 
 		 383 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.64 
 
 		 411 aa  77  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06450  putative lipoprotein  24.67 
 
 		 392 aa  77  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.617391  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  24.04 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  25.86 
 
 		 571 aa  74.7  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  24.43 
 
 		 577 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.53 
 
 		 412 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  22.86 
 
 		 503 aa  71.2  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  26.67 
 
 		 413 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  20.51 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.3 
 
 		 497 aa  70.1  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2012  secretion protein HlyD  21.71 
 
 		 352 aa  70.1  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  21.56 
 
 		 538 aa  69.7  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  22.22 
 
 		 384 aa  69.3  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  23.37 
 
 		 416 aa  69.3  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  24.05 
 
 		 379 aa  68.9  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  25.19 
 
 		 384 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  23.85 
 
 		 491 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.65 
 
 		 355 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  24.19 
 
 		 412 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  24.15 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 387 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.55 
 
 		 531 aa  67  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.09 
 
 		 421 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.58 
 
 		 459 aa  66.2  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.51 
 
 		 379 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.65 
 
 		 427 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2624  RND family efflux transporter MFP subunit  25.76 
 
 		 357 aa  66.2  0.0000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0162  cation efflux system protein  24.14 
 
 		 389 aa  66.2  0.0000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.002148  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.05 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1129  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 388 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0780076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  20.17 
 
 		 402 aa  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  22.33 
 
 		 424 aa  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.05 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  23.74 
 
 		 344 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 465 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.43 
 
 		 497 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  22.67 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  22.43 
 
 		 404 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 382 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.33 
 
 		 428 aa  64.3  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 382 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5682  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein NimB  22.38 
 
 		 366 aa  64.3  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00246104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  21.59 
 
 		 483 aa  63.9  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.09 
 
 		 397 aa  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  22.58 
 
 		 527 aa  63.5  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.49 
 
 		 510 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  23.5 
 
 		 513 aa  63.2  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  23.89 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.89 
 
 		 417 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.99 
 
 		 671 aa  63.2  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1389  HlyD family secretion protein  25.57 
 
 		 435 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  20.32 
 
 		 484 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  23.24 
 
 		 389 aa  62.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  21.25 
 
 		 368 aa  62.8  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.98485  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.76 
 
 		 587 aa  62.4  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  22.91 
 
 		 552 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  21.04 
 
 		 398 aa  62  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  24.14 
 
 		 399 aa  61.6  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  19.93 
 
 		 484 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  19.66 
 
 		 401 aa  61.6  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.4 
 
 		 407 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  22.52 
 
 		 410 aa  61.6  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.74 
 
 		 627 aa  61.2  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3919  RND family efflux transporter MFP subunit  21.05 
 
 		 373 aa  60.8  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0652865  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  22.18 
 
 		 423 aa  60.8  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  25.6 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  21.76 
 
 		 509 aa  60.8  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  20.45 
 
 		 491 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  25.6 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.6 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 		 468 aa  60.5  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.39 
 
 		 456 aa  60.5  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  25.6 
 
 		 514 aa  60.5  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  25.6 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.64 
 
 		 424 aa  60.5  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1511  membrane-fusion protein  22.22 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000121317  normal  0.228585 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  23.24 
 
 		 407 aa  60.1  0.00000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  21.03 
 
 		 484 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4376  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.8 
 
 		 361 aa  60.1  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>