More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3012 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2710  RND family efflux transporter MFP subunit  96.31 
 
 		 407 aa  673    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3012  secretion protein HlyD  100 
 
 		 407 aa  781    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811928 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3713  RND family efflux transporter MFP subunit  32.18 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2800  secretion protein HlyD  30.12 
 
 		 356 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.278622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3245  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 372 aa  91.3  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  28.72 
 
 		 365 aa  90.1  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  30.49 
 
 		 372 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  29.68 
 
 		 421 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  26.71 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  29.66 
 
 		 368 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.75 
 
 		 361 aa  72.4  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50904  normal  0.396278 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4376  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.75 
 
 		 361 aa  72.4  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.97 
 
 		 390 aa  72.4  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000873754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5682  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein NimB  28.57 
 
 		 366 aa  70.5  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00246104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  30.47 
 
 		 402 aa  70.1  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 354 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  29.63 
 
 		 405 aa  70.1  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  29.46 
 
 		 488 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 376 aa  69.3  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 489 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  29.02 
 
 		 489 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 489 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 491 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.31 
 
 		 362 aa  67  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.57 
 
 		 355 aa  67  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  29.13 
 
 		 404 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.18 
 
 		 368 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 354 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 404 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  28.23 
 
 		 432 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 358 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  28.19 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.81 
 
 		 357 aa  64.7  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.45 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 358 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  24.15 
 
 		 416 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  24.21 
 
 		 392 aa  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 354 aa  63.5  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 353 aa  63.5  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  27.06 
 
 		 440 aa  63.2  0.000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0514  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.33 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.770818  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3345  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 		 421 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  24.48 
 
 		 354 aa  62  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  28.78 
 
 		 484 aa  62  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 440 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 413 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  28.5 
 
 		 424 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.47 
 
 		 353 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1876  secretion protein HlyD  30.91 
 
 		 375 aa  60.8  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5851  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 		 369 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.9 
 
 		 379 aa  60.8  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.34 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1231  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 		 426 aa  60.5  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.25 
 
 		 370 aa  60.1  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5654  secretion protein HlyD  30.62 
 
 		 362 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  23.36 
 
 		 352 aa  60.1  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  30.24 
 
 		 491 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  26.07 
 
 		 386 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 412 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0007  secretion protein HlyD  21.16 
 
 		 378 aa  58.9  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0298949  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  27.24 
 
 		 523 aa  59.7  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  24.5 
 
 		 357 aa  59.3  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  25 
 
 		 484 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6239  putative cation efflux membrane fusion protein  27.91 
 
 		 375 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  24.74 
 
 		 372 aa  58.5  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  22.69 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  24.71 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2591  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 463 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.422822  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  30.74 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.33 
 
 		 416 aa  57.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  29.47 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.56 
 
 		 424 aa  57.8  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.6 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  28.77 
 
 		 489 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3309  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  28.77 
 
 		 489 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3894  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.65 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  28.77 
 
 		 489 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  28.77 
 
 		 516 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  28.74 
 
 		 401 aa  57.4  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  24.32 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  28.77 
 
 		 489 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  24.43 
 
 		 484 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  23.46 
 
 		 365 aa  57  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.81 
 
 		 374 aa  57.4  0.0000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  26.27 
 
 		 344 aa  57  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.49 
 
 		 354 aa  57  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  32.18 
 
 		 392 aa  57  0.0000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4993  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.92 
 
 		 401 aa  57  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  22.41 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  22.41 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.41 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 459 aa  57  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2757  secretion protein HlyD  28.34 
 
 		 376 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.220243  normal  0.336362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>