More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1358 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1358  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 202 aa  418  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 211 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 195 aa  160  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 202 aa  159  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 217 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 217 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 217 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  44.85 
 
 		 204 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1222  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  41.75 
 
 		 203 aa  157  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 203 aa  155  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 203 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0292  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 203 aa  154  6e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3727  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 203 aa  154  7e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 202 aa  149  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  148  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 212 aa  147  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_3324  regulatory protein, TetR  37.81 
 
 		 204 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0882884 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3549  transcriptional regulator AefR  39.09 
 
 		 200 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
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NC_010557  BamMC406_5760  TetR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.327742  normal  0.559912 
 
 
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NC_008392  Bamb_6005  TetR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 208 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  1 
 
 
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NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  35.53 
 
 		 198 aa  135  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011313  VSAL_II0035  putative transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 202 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1346  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 209 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008228  Patl_0736  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 198 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_02663  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806616  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  34.52 
 
 		 205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_0792  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 212 aa  102  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 211 aa  92  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 221 aa  86.3  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 210 aa  85.9  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  33.65 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 212 aa  81.6  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 218 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 206 aa  78.6  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
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NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  31.61 
 
 		 207 aa  78.6  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  34.8 
 
 		 217 aa  77.8  0.00000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
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NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  29.59 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 214 aa  73.2  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 207 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 220 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 213 aa  72  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 208 aa  71.2  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 210 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  32.92 
 
 		 226 aa  70.5  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  27.92 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 216 aa  68.6  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2293  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  32.92 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 210 aa  67.4  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  32.72 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.9 
 
 		 209 aa  64.7  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
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NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 202 aa  64.3  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
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NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  32.93 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
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NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007794  Saro_0532  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 424 aa  63.2  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
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NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
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