More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1438 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 812 aa  1617    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  38.95 
 
 		 656 aa  390  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  38.44 
 
 		 754 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  36.89 
 
 		 667 aa  370  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2583  type II and III secretion system protein  34.83 
 
 		 749 aa  365  2e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1300  type II secretion system protein D  39.28 
 
 		 667 aa  362  2e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.194357  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00431  putative general secretion pathway GSPD-related protein  40.55 
 
 		 698 aa  356  1e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1336  type II and III secretion system protein  37.5 
 
 		 653 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.474923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2414  type II and III secretion system protein  35.37 
 
 		 657 aa  352  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  37.11 
 
 		 760 aa  350  9e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29100  type II and III secretion system protein  35.9 
 
 		 614 aa  343  5.999999999999999e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0223781  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2468  type II and III secretion system protein  36.81 
 
 		 625 aa  331  4e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.679634  normal  0.597766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2459  type II and III secretion system protein  34.86 
 
 		 621 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3478  type II and III secretion system protein  34.86 
 
 		 621 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883707  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2293  type II and III secretion system protein  35.46 
 
 		 621 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.932026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4706  putative secretion type II protein  35.16 
 
 		 734 aa  317  6e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142199  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  36.63 
 
 		 789 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2619  type II and III secretion system protein  35.75 
 
 		 662 aa  303  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1987  type II and III secretion system protein  36.66 
 
 		 615 aa  290  8e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0115184  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2999  type II and III secretion system protein  31.56 
 
 		 870 aa  283  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000114171 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1929  type II and III secretion system protein  31.43 
 
 		 796 aa  281  3e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.114575  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1778  type II secretion system protein, putative  33.09 
 
 		 822 aa  281  5e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505418  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1284  type II and III secretion system protein  31.54 
 
 		 868 aa  280  6e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1859  type II and III secretion system protein  33.4 
 
 		 861 aa  280  7e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.765108 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  30.85 
 
 		 779 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1462  type II and III secretion system protein  29.23 
 
 		 769 aa  251  3e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.97697  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1679  type II secretory pathway, component HofQ  33 
 
 		 767 aa  248  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3789  type II and III secretion system protein  34.52 
 
 		 596 aa  243  7e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1469  type II and III secretion system protein  29.84 
 
 		 792 aa  236  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1997  type II and III secretion system protein  24.94 
 
 		 764 aa  145  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  26.95 
 
 		 580 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  32.71 
 
 		 756 aa  127  8.000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  23.46 
 
 		 987 aa  124  8e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  27.16 
 
 		 547 aa  123  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1043  type II and III secretion system protein  25.75 
 
 		 589 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0150789  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  31.45 
 
 		 733 aa  122  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  28.23 
 
 		 660 aa  119  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  31.6 
 
 		 745 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  26.75 
 
 		 683 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  23.7 
 
 		 864 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  26.51 
 
 		 683 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  24.24 
 
 		 413 aa  116  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  26.51 
 
 		 683 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  26.51 
 
 		 683 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  29.97 
 
 		 763 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  28.87 
 
 		 805 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  30 
 
 		 776 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  26.75 
 
 		 683 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  24.52 
 
 		 711 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  26.45 
 
 		 684 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.66 
 
 		 819 aa  112  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  25.86 
 
 		 689 aa  112  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  24.62 
 
 		 682 aa  112  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  25.81 
 
 		 684 aa  111  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  24.22 
 
 		 1421 aa  111  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  29.26 
 
 		 833 aa  111  6e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  26.45 
 
 		 684 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  28.81 
 
 		 775 aa  110  8.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0246  type II and III secretion system protein  31.71 
 
 		 714 aa  110  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  24.94 
 
 		 704 aa  110  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  28.81 
 
 		 775 aa  110  9.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  27.62 
 
 		 752 aa  110  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.43 
 
 		 684 aa  110  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  30.11 
 
 		 681 aa  110  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  25 
 
 		 426 aa  110  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  24.88 
 
 		 808 aa  109  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  27.07 
 
 		 635 aa  109  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  24.7 
 
 		 578 aa  108  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  24.49 
 
 		 882 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  24.66 
 
 		 692 aa  107  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.8 
 
 		 874 aa  107  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  27.21 
 
 		 780 aa  106  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25 
 
 		 685 aa  107  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  28.83 
 
 		 686 aa  107  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  24.49 
 
 		 887 aa  107  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  25.53 
 
 		 720 aa  106  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  24.55 
 
 		 887 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  25.18 
 
 		 433 aa  104  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  25.3 
 
 		 682 aa  104  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  26.48 
 
 		 793 aa  103  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  25.94 
 
 		 751 aa  102  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  22.75 
 
 		 870 aa  103  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  25.3 
 
 		 683 aa  103  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0078  general secretion pathway protein D  29.66 
 
 		 660 aa  102  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  26.79 
 
 		 767 aa  102  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  28.28 
 
 		 766 aa  102  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  23.22 
 
 		 710 aa  102  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  26.09 
 
 		 803 aa  101  6e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  23.7 
 
 		 891 aa  101  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  24.94 
 
 		 576 aa  100  7e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  23.63 
 
 		 926 aa  100  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  24.88 
 
 		 944 aa  100  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  24.26 
 
 		 893 aa  100  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3804  outer membrane porin HofQ  24.92 
 
 		 413 aa  100  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0625572  normal  0.855535 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  28 
 
 		 784 aa  100  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  25.62 
 
 		 424 aa  100  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.56 
 
 		 706 aa  99.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  24.4 
 
 		 616 aa  99.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  25.12 
 
 		 683 aa  100  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  25.6 
 
 		 688 aa  99.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>