140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3544 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3544  hypothetical protein  100 
 
 		 543 aa  992    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.779091  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0205  transcriptional regulator, SARP family  33.4 
 
 		 1088 aa  130  6e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  33.2 
 
 		 931 aa  129  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1985  NB-ARC domain protein  31.34 
 
 		 797 aa  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00414294  normal  0.784778 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 		 915 aa  122  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2677  NB-ARC domain protein  33.95 
 
 		 788 aa  119  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0391388 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  27.29 
 
 		 1071 aa  117  7.999999999999999e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4482  transcriptional regulator, SARP family  30.63 
 
 		 941 aa  116  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434883  normal  0.14218 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  29.08 
 
 		 913 aa  115  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  31.06 
 
 		 850 aa  113  7.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6259  NB-ARC domain protein  31.89 
 
 		 790 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  28.88 
 
 		 919 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0065  transcriptional regulator, SARP family  30.06 
 
 		 934 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3386  NB-ARC domain-containing protein  28.7 
 
 		 834 aa  111  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.167354 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3863  transcriptional regulator, SARP family  31.36 
 
 		 981 aa  108  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.291313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0853  transcriptional regulator, SARP family  29.96 
 
 		 1010 aa  108  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2958  transcriptional regulator, SARP family  27.5 
 
 		 964 aa  107  5e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500488  hitchhiker  0.00113225 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00460  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  29.06 
 
 		 921 aa  105  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  30.98 
 
 		 1020 aa  104  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3332  transcriptional regulator, SARP family  28.24 
 
 		 1025 aa  103  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00786892  normal  0.331119 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1973  transcriptional regulator, SARP family  28.52 
 
 		 1008 aa  103  7e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.458427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3874  transcriptional regulator, SARP family  31.11 
 
 		 935 aa  103  9e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.841165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7082  transcriptional regulator, SARP family  33.16 
 
 		 990 aa  103  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379783 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1461  transcriptional regulator, SARP family  33.6 
 
 		 950 aa  103  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0576  transcriptional regulator, SARP family  28.93 
 
 		 946 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4966  transcriptional regulator, SARP family  27.87 
 
 		 1030 aa  100  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.998552 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1496  transcriptional regulator, SARP family  28.81 
 
 		 1027 aa  100  6e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.905196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1556  NB-ARC domain protein  30.65 
 
 		 792 aa  99  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.56411  normal  0.0240441 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0601  transcriptional regulator, SARP family  29.64 
 
 		 928 aa  98.6  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.752855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0687  transcriptional regulator, SARP family  27.89 
 
 		 1003 aa  98.6  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.622837 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  28.57 
 
 		 993 aa  98.2  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  29.12 
 
 		 965 aa  97.1  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3532  NB-ARC domain-containing protein  27.87 
 
 		 827 aa  96.3  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3059  transcriptional regulator, SARP family  27.16 
 
 		 1014 aa  95.9  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3942  TPR repeat-containing protein  31.95 
 
 		 755 aa  95.9  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058875  normal  0.0427407 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5275  transcriptional regulator, SARP family  33.74 
 
 		 989 aa  94.7  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 1048 aa  92.8  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0797  transcriptional regulator, SARP family  29.3 
 
 		 1001 aa  92.8  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6410  transcriptional regulator, SARP family  29.89 
 
 		 970 aa  92.8  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112311 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4249  transcriptional regulator, SARP family  31.24 
 
 		 1108 aa  92  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.319347 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3684  transcriptional regulator, SARP family  30.28 
 
 		 930 aa  90.9  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.270983 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4296  transcriptional regulator, SARP family  26.54 
 
 		 996 aa  90.9  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.300157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8120  NB-ARC domain protein  30.47 
 
 		 978 aa  90.5  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4139  transcriptional regulator, SARP family  28.49 
 
 		 983 aa  89.7  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.180514 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2780  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 782 aa  89.7  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3657  transcriptional regulator, SARP family  30.73 
 
 		 1030 aa  90.1  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5355  transcriptional regulator, SARP family  33.23 
 
 		 1138 aa  89  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.610748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1875  transcriptional regulator, SARP family  28.57 
 
 		 921 aa  88.6  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0222305  decreased coverage  0.00126827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3391  transcriptional regulator, SARP family  29.36 
 
 		 971 aa  88.6  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.436064 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6437  NB-ARC domain protein  30.47 
 
 		 715 aa  87.4  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0976  transcriptional regulator, XRE family  32.62 
 
 		 775 aa  86.3  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4182  AAA ATPase  31.1 
 
 		 690 aa  86.3  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0228  transcriptional regulator, XRE family  28.66 
 
 		 770 aa  85.5  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00256597  normal  0.277855 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1981  transcriptional regulator, SARP family  28.02 
 
 		 1033 aa  85.9  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0609683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2572  transcriptional regulator, SARP family  29.77 
 
 		 1011 aa  85.9  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6283  transcriptional regulator, SARP family  27.33 
 
 		 1022 aa  85.5  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  29 
 
 		 990 aa  84.3  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6346  transcriptional regulator, SARP family  28.16 
 
 		 1034 aa  84  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3989  transcriptional regulator, SARP family  31.25 
 
 		 1003 aa  83.6  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0138619  normal  0.888144 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4244  transcriptional activator domain-containing protein  28.74 
 
 		 992 aa  82.8  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0384973 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0385  transcriptional regulator, SARP family  33.46 
 
 		 940 aa  83.2  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2936  transcriptional regulator, SARP family  30.5 
 
 		 1054 aa  82  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.281225  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0196  transcriptional regulator, SARP family  28.73 
 
 		 967 aa  81.6  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46607  normal  0.0345978 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5286  transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 		 810 aa  80.9  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  29.1 
 
 		 806 aa  80.9  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3977  transcriptional regulator, SARP family  29.55 
 
 		 962 aa  80.1  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5691  transcriptional regulator, SARP family  27.6 
 
 		 956 aa  80.1  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1768  transcriptional regulator, SARP family  29.37 
 
 		 907 aa  78.6  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.523218  normal  0.689906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0225  transcriptional regulator, XRE family  27.92 
 
 		 792 aa  78.2  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2767  hypothetical protein  30.7 
 
 		 715 aa  77  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0532773  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3432  transcriptional regulator, SARP family  32.13 
 
 		 775 aa  76.6  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00818273  normal  0.368034 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2713  NB-ARC domain protein  32.74 
 
 		 838 aa  75.9  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000220271  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3744  transcriptional regulator, XRE family  28.06 
 
 		 814 aa  75.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.806714 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5351  hypothetical protein  35.33 
 
 		 862 aa  75.1  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.466461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  29.18 
 
 		 1022 aa  74.3  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0796  transcriptional regulator, SARP family  30.29 
 
 		 1033 aa  73.9  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3752  transcriptional regulator, SARP family  27.25 
 
 		 992 aa  73.6  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4471  transcriptional regulator, LuxR family  30.18 
 
 		 680 aa  73.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5300  transcriptional regulator, SARP family  26.52 
 
 		 1017 aa  72.8  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.706654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9294  transcriptional regulator, SARP family  29.32 
 
 		 1003 aa  72.8  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.705577 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3101  transcriptional regulator, SARP family  32.6 
 
 		 910 aa  70.5  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.423529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1398  SARP family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 1319 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.229363  decreased coverage  0.000262464 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0994  transcriptional regulator, SARP family  27.25 
 
 		 995 aa  69.7  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0458  NB-ARC domain protein  27.92 
 
 		 941 aa  68.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2413  SARP family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 760 aa  68.2  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0215803  normal  0.881826 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4930  helix-turn-helix domain protein  34.6 
 
 		 387 aa  68.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.279105  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5280  transcriptional regulator, SARP family  30.37 
 
 		 632 aa  67.8  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5783  transcriptional regulator, SARP family  28.6 
 
 		 1021 aa  67.4  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0303431  normal  0.017876 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3737  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.56 
 
 		 742 aa  66.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5677  transcriptional regulator, SARP family  31.25 
 
 		 965 aa  66.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1770  Tetratricopeptide TPR_4  30.07 
 
 		 741 aa  66.6  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430666  normal  0.588831 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34600  putative transcriptional regulator  26.56 
 
 		 896 aa  66.2  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.240739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5531  transcriptional regulator, SARP family  28.63 
 
 		 963 aa  65.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.394906 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4174  transcriptional regulator, SARP family  27.83 
 
 		 621 aa  65.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3637  transcriptional regulator, XRE family  28.64 
 
 		 757 aa  64.7  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1666  transcriptional regulator, XRE family  34.71 
 
 		 462 aa  64.3  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.237229  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5472  transcriptional regulator, SARP family  35.12 
 
 		 994 aa  63.9  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.959943  normal  0.441932 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3098  transcriptional regulator, SARP family  31.21 
 
 		 926 aa  63.2  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.312417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7741  transcriptional regulator, SARP family  28.46 
 
 		 1013 aa  63.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0132103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0900  transcriptional regulator, SARP family  28.77 
 
 		 908 aa  61.2  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.836617  normal  0.151973 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>