More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0748 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  100 
 
 		 312 aa  647    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  50 
 
 		 306 aa  322  6e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  45.49 
 
 		 300 aa  275  9e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.96 
 
 		 308 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.89 
 
 		 322 aa  265  8e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  45.42 
 
 		 323 aa  260  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43 
 
 		 319 aa  255  6e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.98 
 
 		 315 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 310 aa  249  6e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.98 
 
 		 310 aa  248  8e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  43.88 
 
 		 304 aa  248  9e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  43.99 
 
 		 315 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  42.56 
 
 		 329 aa  242  7e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 312 aa  240  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 316 aa  235  9e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  42.12 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  38.36 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  41.24 
 
 		 302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.94 
 
 		 349 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  41.58 
 
 		 318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 353 aa  215  8e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 455 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.3 
 
 		 324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  39.38 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 434 aa  206  5e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 338 aa  199  3.9999999999999996e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 322 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  37.54 
 
 		 347 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.83 
 
 		 317 aa  193  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.83 
 
 		 317 aa  193  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.23 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 344 aa  193  4e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 461 aa  192  5e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 312 aa  191  9e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  36.43 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 330 aa  189  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  35.08 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 341 aa  186  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 327 aa  185  7e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.31 
 
 		 335 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  35.31 
 
 		 334 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 322 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 351 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 306 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  34.72 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 300 aa  178  8e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  33.96 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 345 aa  172  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 344 aa  171  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  33.55 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 362 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  32.4 
 
 		 335 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 340 aa  169  7e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 509 aa  169  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 492 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 492 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 434 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 434 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 492 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 492 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.59 
 
 		 664 aa  164  1.0000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 941 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.19 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 355 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 492 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  33.13 
 
 		 344 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 353 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 547 aa  162  6e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  33.77 
 
 		 551 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  33.44 
 
 		 565 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 492 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 715 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>