More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_pSN254_0173 on replicon NC_009140
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  100 
 
 		 1381 aa  2823    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  32.69 
 
 		 1467 aa  501  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  31.26 
 
 		 1577 aa  465  1e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  38.21 
 
 		 903 aa  443  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  35.64 
 
 		 927 aa  439  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  37.33 
 
 		 889 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  36.99 
 
 		 913 aa  399  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  31.04 
 
 		 1198 aa  399  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  29.77 
 
 		 1433 aa  372  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  32.44 
 
 		 920 aa  358  2.9999999999999997e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  33.51 
 
 		 917 aa  356  1e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  39.18 
 
 		 690 aa  332  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  29.18 
 
 		 1177 aa  322  3e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  28.62 
 
 		 1301 aa  322  3.9999999999999996e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  38.23 
 
 		 788 aa  318  7e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  38.23 
 
 		 788 aa  318  7e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  37.9 
 
 		 741 aa  317  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  33.69 
 
 		 764 aa  310  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  36.73 
 
 		 705 aa  293  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  26.75 
 
 		 2096 aa  289  2e-76  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  28.34 
 
 		 1352 aa  270  1e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  33.39 
 
 		 738 aa  266  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.69 
 
 		 1271 aa  262  4e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  31.05 
 
 		 683 aa  260  1e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  33.17 
 
 		 818 aa  260  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  33.79 
 
 		 587 aa  256  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  32.29 
 
 		 939 aa  249  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  35.48 
 
 		 499 aa  248  4.9999999999999997e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  35.53 
 
 		 605 aa  243  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  31.76 
 
 		 863 aa  242  4e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  28.55 
 
 		 1576 aa  241  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  28.32 
 
 		 1390 aa  233  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  33.08 
 
 		 613 aa  233  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  26.1 
 
 		 2149 aa  228  7e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25.66 
 
 		 2277 aa  227  1e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  26.06 
 
 		 1518 aa  225  4e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  25.83 
 
 		 1611 aa  223  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.82 
 
 		 3027 aa  224  9.999999999999999e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.49 
 
 		 1488 aa  219  4e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.13 
 
 		 1600 aa  218  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.43 
 
 		 1572 aa  218  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  27.79 
 
 		 1586 aa  211  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  26.04 
 
 		 1953 aa  211  7e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  29.23 
 
 		 890 aa  211  8e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  27.79 
 
 		 1595 aa  211  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  27.57 
 
 		 1614 aa  209  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25.42 
 
 		 2035 aa  207  8e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  27.14 
 
 		 1509 aa  205  4e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  25.8 
 
 		 1362 aa  204  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  25.43 
 
 		 1550 aa  202  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  26.27 
 
 		 1560 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  31.03 
 
 		 681 aa  199  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  27.78 
 
 		 1489 aa  199  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  33.6 
 
 		 508 aa  197  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  24.6 
 
 		 1495 aa  196  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  34.13 
 
 		 500 aa  195  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.75 
 
 		 1942 aa  194  7e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.57 
 
 		 1259 aa  193  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  25.57 
 
 		 1427 aa  193  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  24.92 
 
 		 1379 aa  192  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  24.34 
 
 		 1485 aa  192  4e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  25.41 
 
 		 1520 aa  192  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  27 
 
 		 1487 aa  191  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  24.98 
 
 		 1429 aa  191  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  25.82 
 
 		 1494 aa  191  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  25.82 
 
 		 1494 aa  191  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  24.83 
 
 		 1528 aa  186  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  26.9 
 
 		 1197 aa  186  4.0000000000000006e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00940  rhs-related protein  34.73 
 
 		 468 aa  185  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.70443 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  24.05 
 
 		 1541 aa  185  6e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  24.86 
 
 		 1609 aa  184  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  27.01 
 
 		 867 aa  184  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  24.94 
 
 		 1495 aa  184  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  23.76 
 
 		 1541 aa  183  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  27.59 
 
 		 2003 aa  183  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  26.47 
 
 		 1409 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.73 
 
 		 1551 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  23.76 
 
 		 1541 aa  182  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  24.43 
 
 		 1840 aa  182  4.999999999999999e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  25.19 
 
 		 1602 aa  182  5.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  24.55 
 
 		 1917 aa  181  5.999999999999999e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  25.54 
 
 		 1568 aa  181  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  23.52 
 
 		 1381 aa  180  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  23.52 
 
 		 1541 aa  180  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  23.52 
 
 		 1541 aa  180  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  23.52 
 
 		 1541 aa  180  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  23.07 
 
 		 1553 aa  179  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  25.02 
 
 		 1149 aa  179  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  26.85 
 
 		 1359 aa  178  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  27.42 
 
 		 1385 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  23.55 
 
 		 1547 aa  177  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  24.78 
 
 		 1527 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  23.83 
 
 		 1669 aa  176  3.9999999999999995e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  24.3 
 
 		 1418 aa  176  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  24.06 
 
 		 1679 aa  173  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  25.13 
 
 		 1508 aa  173  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  26.26 
 
 		 1517 aa  172  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  23.34 
 
 		 1959 aa  171  7e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  24.32 
 
 		 1531 aa  171  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  26.8 
 
 		 1400 aa  171  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>