More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2673 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  100 
 
 		 411 aa  823    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  86.62 
 
 		 411 aa  726    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  73.4 
 
 		 411 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  74.42 
 
 		 410 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  63.64 
 
 		 409 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 384 aa  176  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 405 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 384 aa  173  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 405 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 383 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 403 aa  168  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  35.44 
 
 		 415 aa  164  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 384 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  50 
 
 		 392 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  31.59 
 
 		 436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 492 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  31.07 
 
 		 413 aa  146  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 411 aa  145  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  50.62 
 
 		 382 aa  143  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 316 aa  143  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 380 aa  139  8.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 401 aa  139  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 392 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.25 
 
 		 313 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  48.75 
 
 		 1000 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  33.99 
 
 		 381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 438 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  43.45 
 
 		 301 aa  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 360 aa  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 582 aa  136  5e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.51 
 
 		 563 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.83 
 
 		 313 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.83 
 
 		 313 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.03 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 409 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 464 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  41.46 
 
 		 431 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.4 
 
 		 312 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 375 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  46.88 
 
 		 568 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.96 
 
 		 730 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 379 aa  134  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  43.75 
 
 		 493 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 280 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  43.86 
 
 		 311 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 403 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  47.88 
 
 		 451 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 307 aa  133  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.93 
 
 		 312 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 324 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.56 
 
 		 457 aa  133  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.65 
 
 		 708 aa  133  6.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  40.57 
 
 		 476 aa  132  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  43.29 
 
 		 319 aa  132  9e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  46.88 
 
 		 525 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 493 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 467 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 278 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 559 aa  131  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  46.01 
 
 		 525 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 317 aa  131  3e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 377 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 653 aa  130  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.84 
 
 		 827 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 393 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 650 aa  130  4.0000000000000003e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 387 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 370 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  36 
 
 		 570 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  36 
 
 		 570 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.8 
 
 		 531 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  36 
 
 		 570 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  41.62 
 
 		 684 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  36 
 
 		 570 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  36 
 
 		 570 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 267 aa  130  6e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 532 aa  130  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 		 675 aa  130  6e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 373 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  40.99 
 
 		 722 aa  129  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 624 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 470 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 220 aa  129  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 350 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  43.43 
 
 		 325 aa  129  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 569 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.38 
 
 		 698 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  43.86 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  43.86 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>