More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1550 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 209 aa  421  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3418  TetR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 234 aa  197  7.999999999999999e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111441  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4678  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 221 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1709  transcriptional regulator, TetR family  39.09 
 
 		 195 aa  104  8e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1206  regulatory protein TetR  41.81 
 
 		 194 aa  100  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 226 aa  99  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24710  transcriptional regulator, tetR family  38.22 
 
 		 198 aa  95.5  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2337  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 214 aa  95.1  7e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181151 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3550  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 209 aa  93.2  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123962  normal  0.200142 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4557  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 199 aa  93.6  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3825  regulatory protein TetR  34.55 
 
 		 203 aa  87.8  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.141016  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 204 aa  87.4  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2832  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 204 aa  85.1  7e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5436  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 205 aa  84  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4763  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.781145  decreased coverage  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3524  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0849134 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3529  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 224 aa  80.5  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2892  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16550  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.882037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4323  regulatory protein, TetR  36.41 
 
 		 201 aa  79  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0245964 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2908  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1564  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.127259  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12926  TetR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.394038 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3584  regulatory protein TetR  33.08 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0125026  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2273  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.702073 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0074  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  55.88 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5279  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504673 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5875  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 218 aa  62.4  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5205  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155344  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5654  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.346197  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  45.95 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1656  transcriptional regulator, TetR family  49.18 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0268  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.784596 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2258  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0562664  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4004  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0894492  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5020  putative transcriptional regulator, TetR family  42.7 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294081  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  52.63 
 
 		 196 aa  58.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4581  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000712688 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3893  transcriptional regulator, TetR family  36.81 
 
 		 194 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  43.02 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  40.85 
 
 		 263 aa  55.8  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  49.18 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3979  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.318215  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  43.55 
 
 		 230 aa  54.7  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  54.39 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8769  putative transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 201 aa  54.7  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 200 aa  54.7  0.000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 249 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  50 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 222 aa  53.9  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9078  putative transcriptional regulator, TetR family  42.55 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 		 310 aa  53.9  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 250 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 242 aa  53.9  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0191  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 243 aa  53.9  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00113557  decreased coverage  0.000257741 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5280  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 175 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0925  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1986  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 218 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0191052  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 222 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 332 aa  52.8  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 235 aa  53.1  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 223 aa  52.8  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3054  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 126 aa  53.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0108952 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0403  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.101074  normal  0.152412 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  51.72 
 
 		 223 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  51.72 
 
 		 219 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2165  transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 228 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 202 aa  52.8  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 225 aa  52.8  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  26.71 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 261 aa  52.8  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 223 aa  52.8  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1116  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 209 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.863597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0069  transcriptional regulator, TetR family  33.01 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>