More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2908 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2908  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3524  TetR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 223 aa  145  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0849134 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3550  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 209 aa  139  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123962  normal  0.200142 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2892  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 207 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 226 aa  98.2  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3418  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111441  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2832  transcriptional regulator, TetR family  31.77 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4678  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 221 aa  78.2  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24710  transcriptional regulator, tetR family  30.05 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 		 204 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1709  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 195 aa  73.2  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4557  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 199 aa  70.5  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5436  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2337  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181151 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16550  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.882037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1564  transcriptional regulator, TetR family  40.86 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.127259  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4581  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000712688 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4323  regulatory protein, TetR  36.51 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0245964 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3825  regulatory protein TetR  36.36 
 
 		 203 aa  64.7  0.0000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.141016  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4763  TetR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 201 aa  64.7  0.0000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.781145  decreased coverage  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  40.78 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5279  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504673 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5205  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155344  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5654  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.346197  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1206  regulatory protein TetR  36.29 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2551  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48532  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3529  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6861  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 195 aa  52.8  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 189 aa  51.6  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3584  regulatory protein TetR  28.4 
 
 		 204 aa  51.2  0.000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0125026  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 213 aa  51.6  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2258  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 218 aa  51.2  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0562664  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 213 aa  50.8  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 213 aa  50.8  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5875  transcriptional regulator, TetR family  29.68 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  44.44 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12528  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 215 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0275989 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3859  TetR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 310 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 195 aa  50.1  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0518  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 206 aa  49.3  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.290772  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4896  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 187 aa  49.3  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3267  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 187 aa  49.3  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6911  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 187 aa  49.3  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 207 aa  48.5  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2565  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 248 aa  48.9  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000672076  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0889  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 192 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 199 aa  48.5  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 196 aa  48.5  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  42.47 
 
 		 217 aa  48.5  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5987  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 204 aa  48.5  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 215 aa  47.4  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0074  TetR/AcrR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 196 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 197 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 261 aa  47.8  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4004  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0894492  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3637  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 207 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.262942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  26.14 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4445  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 191 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal  0.471705 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3632  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 207 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1493  transcriptional regulator, TetR family  29.92 
 
 		 198 aa  47.4  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3705  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 207 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0927  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.165233  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 204 aa  47.4  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4267  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 189 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0746  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 190 aa  47  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 224 aa  47.4  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 220 aa  47  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 307 aa  47  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0115  transcriptional regulator, TetR family  32.1 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 215 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  24.06 
 
 		 251 aa  47  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 215 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  41.33 
 
 		 201 aa  47.4  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3422  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 187 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 215 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>