More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3418 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3418  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  476  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111441  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  52.04 
 
 		 209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4678  TetR family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4763  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 201 aa  100  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.781145  decreased coverage  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4323  regulatory protein, TetR  36.9 
 
 		 201 aa  100  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0245964 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1206  regulatory protein TetR  36.23 
 
 		 194 aa  99.4  4e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24710  transcriptional regulator, tetR family  34.17 
 
 		 198 aa  87  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1709  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 195 aa  87  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2892  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 207 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3550  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 209 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123962  normal  0.200142 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2337  TetR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 214 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181151 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3529  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2908  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5436  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3524  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0849134 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4557  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1564  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.127259  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3584  regulatory protein TetR  35.71 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0125026  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16550  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.882037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2273  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.702073 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2832  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3825  regulatory protein TetR  27.84 
 
 		 203 aa  62.8  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.141016  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  36.9 
 
 		 186 aa  62  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 206 aa  62  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2258  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0562664  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5279  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504673 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2838  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 183 aa  58.5  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  24.71 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0268  TetR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.784596 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 195 aa  58.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1845  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 224 aa  57  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1939  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5875  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 218 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4004  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0894492  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6209  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 208 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2786  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 194 aa  53.9  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1255  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 200 aa  52.8  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1747  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 221 aa  52.8  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2128  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 201 aa  52  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.544484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 335 aa  51.6  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0795  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 219 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 258 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 205 aa  51.6  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  30.7 
 
 		 216 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3860  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 236 aa  51.2  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195527  normal  0.716599 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2069  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 233 aa  50.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.620568  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 201 aa  50.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1926  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 224 aa  50.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0069  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0326  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 233 aa  50.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0794  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 205 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  43.86 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  47.92 
 
 		 178 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 242 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  29.13 
 
 		 221 aa  50.1  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2647  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 74 aa  50.1  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 221 aa  50.1  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 225 aa  50.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3295  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 208 aa  49.7  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30610  transcriptional regulator  26.82 
 
 		 201 aa  49.7  0.00004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4588  transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 206 aa  49.7  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.112472 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 269 aa  49.7  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 188 aa  49.7  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0458  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 205 aa  49.3  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1520  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 207 aa  49.3  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 238 aa  49.3  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4773  regulatory protein TetR  39.68 
 
 		 184 aa  49.3  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550217  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  26.61 
 
 		 237 aa  49.3  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0925  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 207 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1486  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 201 aa  48.9  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.260636  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 206 aa  48.9  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0136  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 201 aa  48.9  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563717  normal  0.436061 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 192 aa  48.9  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 186 aa  48.9  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 191 aa  48.5  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 228 aa  48.9  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 310 aa  48.5  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 212 aa  48.5  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  28.29 
 
 		 224 aa  48.1  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 200 aa  48.1  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 215 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>