More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6813 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6813  diguanylate cyclase  100 
 
 		 285 aa  567  1e-161  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  43.17 
 
 		 609 aa  138  8.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 447 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  35.18 
 
 		 946 aa  122  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  33.97 
 
 		 333 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 310 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 555 aa  119  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.63 
 
 		 308 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 574 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  35.68 
 
 		 568 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  36.08 
 
 		 460 aa  117  1.9999999999999998e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  40.11 
 
 		 609 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  40.11 
 
 		 709 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 659 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4159  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 530 aa  117  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.956326 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 794 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 525 aa  116  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  37.97 
 
 		 381 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 555 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  39.49 
 
 		 454 aa  115  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.66 
 
 		 550 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 483 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 464 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2800  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.23 
 
 		 573 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  33.8 
 
 		 458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 546 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 463 aa  113  3e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 556 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 457 aa  113  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 569 aa  112  5e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 306 aa  112  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  35.65 
 
 		 410 aa  112  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0452  putative GGDEF protein  35.23 
 
 		 528 aa  112  8.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 505 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.18 
 
 		 499 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.12 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 388 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 388 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 414 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  36.56 
 
 		 985 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  39.68 
 
 		 455 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  35.23 
 
 		 721 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  32.72 
 
 		 458 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.65 
 
 		 441 aa  110  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 381 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 642 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 402 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  35.21 
 
 		 334 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 551 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 775 aa  110  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 331 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.11 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 508 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.15 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 323 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 377 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 517 aa  109  5e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.81 
 
 		 353 aa  109  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 360 aa  109  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 351 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 608 aa  109  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 681 aa  109  5e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  37.5 
 
 		 273 aa  109  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  36.97 
 
 		 498 aa  109  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  34.7 
 
 		 339 aa  109  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.11 
 
 		 564 aa  109  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 322 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40.72 
 
 		 560 aa  108  7.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.36 
 
 		 1079 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 547 aa  108  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 322 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 498 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 638 aa  108  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 297 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 457 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.12 
 
 		 669 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.22 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  38.5 
 
 		 462 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 581 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 427 aa  108  1e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 569 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  39.11 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 614 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 464 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 352 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.42 
 
 		 457 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>