More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1855 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009486  Tpet_1344  transcription-repair coupling factor  48.52 
 
 		 893 aa  828    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000252576  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1855  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 901 aa  1806    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.52 
 
 		 893 aa  824    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0160807  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1758  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.09 
 
 		 923 aa  1039    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0298982  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1408  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.86 
 
 		 974 aa  704    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  48.12 
 
 		 1150 aa  589  1e-167  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  46.67 
 
 		 1165 aa  580  1e-164  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  43.81 
 
 		 1183 aa  573  1.0000000000000001e-162  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  41.56 
 
 		 1207 aa  569  1e-161  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  46.55 
 
 		 1141 aa  568  1e-160  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  44.76 
 
 		 1170 aa  568  1e-160  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  43.1 
 
 		 1157 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  43.1 
 
 		 1157 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  43.03 
 
 		 1158 aa  558  1e-157  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  45.33 
 
 		 1182 aa  558  1e-157  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  41.52 
 
 		 1178 aa  551  1e-155  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  44.34 
 
 		 1159 aa  551  1e-155  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  44.44 
 
 		 1154 aa  550  1e-155  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  43.6 
 
 		 1148 aa  550  1e-155  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  41.17 
 
 		 1189 aa  546  1e-154  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  41.16 
 
 		 1182 aa  546  1e-154  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  44.44 
 
 		 1148 aa  543  1e-153  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  45.29 
 
 		 1155 aa  543  1e-153  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  40.92 
 
 		 1265 aa  544  1e-153  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  45.75 
 
 		 1162 aa  543  1e-153  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 		 1246 aa  541  9.999999999999999e-153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  43.13 
 
 		 1183 aa  542  9.999999999999999e-153  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  43.16 
 
 		 1197 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  45.75 
 
 		 1162 aa  541  9.999999999999999e-153  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  42.34 
 
 		 1177 aa  540  9.999999999999999e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  42.13 
 
 		 1177 aa  536  1e-151  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  45.09 
 
 		 1059 aa  537  1e-151  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  43.38 
 
 		 1169 aa  538  1e-151  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  41.67 
 
 		 1177 aa  538  1e-151  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  44.78 
 
 		 1143 aa  537  1e-151  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  42.3 
 
 		 1157 aa  534  1e-150  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  43.98 
 
 		 1197 aa  533  1e-150  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  43.07 
 
 		 1176 aa  533  1e-150  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  42.58 
 
 		 1174 aa  535  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  40.76 
 
 		 1172 aa  533  1e-150  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  42.03 
 
 		 1165 aa  533  1e-150  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  38.83 
 
 		 1169 aa  529  1e-149  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  41.98 
 
 		 1179 aa  530  1e-149  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0620  transcription-repair coupling factor  42.07 
 
 		 1244 aa  531  1e-149  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  41.42 
 
 		 1165 aa  530  1e-149  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  42.01 
 
 		 1172 aa  531  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  41.94 
 
 		 1054 aa  532  1e-149  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  42.7 
 
 		 1202 aa  531  1e-149  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  44.79 
 
 		 1222 aa  529  1e-149  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  43.29 
 
 		 1198 aa  531  1e-149  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  43.93 
 
 		 1179 aa  528  1e-148  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  40.68 
 
 		 1176 aa  528  1e-148  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  40.68 
 
 		 1176 aa  528  1e-148  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  40.68 
 
 		 1178 aa  528  1e-148  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  40.68 
 
 		 1176 aa  528  1e-148  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  42.79 
 
 		 1176 aa  527  1e-148  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  40.52 
 
 		 1188 aa  528  1e-148  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  40.68 
 
 		 1176 aa  528  1e-148  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  40.68 
 
 		 1176 aa  528  1e-148  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  41.06 
 
 		 1172 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1023  transcription-repair coupling factor  44.65 
 
 		 1168 aa  526  1e-148  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  42.06 
 
 		 1112 aa  528  1e-148  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  41.77 
 
 		 1173 aa  529  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  40.68 
 
 		 1176 aa  528  1e-148  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1691  transcription-repair coupling factor  39.06 
 
 		 1153 aa  528  1e-148  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427142  normal  0.0220248 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  39.91 
 
 		 1176 aa  524  1e-147  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  42.88 
 
 		 1157 aa  524  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  40.06 
 
 		 1176 aa  523  1e-147  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  39.14 
 
 		 1192 aa  525  1e-147  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  41.82 
 
 		 1196 aa  526  1e-147  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  41.55 
 
 		 1171 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  41.22 
 
 		 1176 aa  523  1e-147  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  42.03 
 
 		 1174 aa  524  1e-147  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 		 1162 aa  524  1e-147  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0064  transcription-repair coupling factor  41.4 
 
 		 1201 aa  526  1e-147  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.862894  normal  0.0454923 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  41.49 
 
 		 1148 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  41.49 
 
 		 1164 aa  520  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  41.49 
 
 		 1148 aa  520  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  42.12 
 
 		 1207 aa  520  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  40.79 
 
 		 1174 aa  521  1e-146  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  43.09 
 
 		 1123 aa  521  1e-146  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  42.9 
 
 		 1123 aa  521  1e-146  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  43.04 
 
 		 1210 aa  520  1e-146  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  41.49 
 
 		 1148 aa  520  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 		 1172 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  41.44 
 
 		 1160 aa  520  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  41.49 
 
 		 1164 aa  520  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  41.28 
 
 		 1155 aa  522  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  41.49 
 
 		 1148 aa  520  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  41.49 
 
 		 1148 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  42.01 
 
 		 1155 aa  520  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  41.33 
 
 		 1148 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  41.65 
 
 		 1167 aa  516  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  41.42 
 
 		 1161 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  39.06 
 
 		 1153 aa  518  1.0000000000000001e-145  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1298  transcription-repair coupling factor  43.97 
 
 		 1220 aa  517  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122104 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  41.65 
 
 		 1167 aa  517  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  42.54 
 
 		 1178 aa  519  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  40.38 
 
 		 1169 aa  517  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  0.0000230767 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  39.18 
 
 		 1224 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>