More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2807 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1148 aa  721    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1164 aa  722    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1148 aa  773    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  38.65 
 
 		 1157 aa  791    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  33.9 
 
 		 1122 aa  653    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  39.87 
 
 		 1155 aa  766    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  44.26 
 
 		 1169 aa  924    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  36.91 
 
 		 1157 aa  710    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  48.37 
 
 		 1176 aa  1011    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1207 aa  719    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  41.61 
 
 		 1165 aa  828    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1122 aa  650    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1164 aa  729    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  48.28 
 
 		 1176 aa  1012    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  48.28 
 
 		 1178 aa  1009    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  48.28 
 
 		 1176 aa  1011    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1157 aa  691    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1153 aa  711    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  39.12 
 
 		 1153 aa  715    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  35.78 
 
 		 1147 aa  688    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  38.38 
 
 		 1210 aa  796    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1167 aa  723    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1360  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1150 aa  707    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1146 aa  724    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  35 
 
 		 1174 aa  663    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  35.1 
 
 		 1188 aa  730    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1189 aa  689    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 		 1158 aa  729    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  34.47 
 
 		 1165 aa  646    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1161 aa  781    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  36.83 
 
 		 1156 aa  696    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  35.25 
 
 		 1192 aa  707    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  35.46 
 
 		 1192 aa  714    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  38.07 
 
 		 1158 aa  831    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  35.42 
 
 		 1159 aa  684    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  48.28 
 
 		 1176 aa  1012    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0961  transcriptional-repair coupling factor  35.15 
 
 		 1174 aa  680    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.489301  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 		 1153 aa  739    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  36.01 
 
 		 1156 aa  717    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  33.63 
 
 		 1163 aa  648    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.53 
 
 		 1183 aa  940    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1217 aa  683    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  36.15 
 
 		 1241 aa  699    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1208 aa  754    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  35.85 
 
 		 1171 aa  658    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  34.48 
 
 		 1164 aa  668    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  35.15 
 
 		 1153 aa  646    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  35.83 
 
 		 1175 aa  694    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.78 
 
 		 1153 aa  712    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  35.28 
 
 		 1172 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1134 aa  736    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  35.73 
 
 		 1201 aa  679    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  36.91 
 
 		 1160 aa  698    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  39.13 
 
 		 1179 aa  729    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  34.99 
 
 		 1172 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 		 1150 aa  706    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  34.36 
 
 		 1173 aa  652    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1664  transcription-repair coupling factor  34.65 
 
 		 1243 aa  644    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1955  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1150 aa  697    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39.54 
 
 		 1182 aa  815    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  35 
 
 		 1149 aa  665    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  33.98 
 
 		 1194 aa  660    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1156 aa  697    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1211 aa  734    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  45.61 
 
 		 1054 aa  640    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  37.62 
 
 		 1160 aa  713    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  35.15 
 
 		 1167 aa  682    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  35.24 
 
 		 1122 aa  662    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1162 aa  2361    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  98.8 
 
 		 1162 aa  2335    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1166 aa  741    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  35.03 
 
 		 1180 aa  683    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 		 1160 aa  728    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 		 1160 aa  726    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  34.45 
 
 		 1166 aa  685    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  39.94 
 
 		 1073 aa  792    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  34.62 
 
 		 1172 aa  657    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1185 aa  699    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  35.49 
 
 		 1148 aa  705    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  43.27 
 
 		 1162 aa  882    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  41.12 
 
 		 1188 aa  823    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  42.93 
 
 		 1165 aa  872    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  41.12 
 
 		 1179 aa  840    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  42.05 
 
 		 1168 aa  838    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1222 aa  745    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1156 aa  697    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 		 1189 aa  792    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 		 1198 aa  733    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1160 aa  729    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1192 aa  738    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.69 
 
 		 1177 aa  817    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  34.99 
 
 		 1154 aa  645    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 		 1224 aa  780    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  38.11 
 
 		 1155 aa  734    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1211 aa  734    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  36.05 
 
 		 1164 aa  690    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1212 aa  736    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  35.46 
 
 		 1173 aa  716    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1260  transcription-repair coupling factor  35.37 
 
 		 1159 aa  678    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.843901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  36.21 
 
 		 1163 aa  673    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>