More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0091 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  41.08 
 
 		 1148 aa  771    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  41.08 
 
 		 1164 aa  770    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  42.4 
 
 		 1148 aa  741    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  53.08 
 
 		 1157 aa  1114    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 		 1149 aa  774    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  40.36 
 
 		 1173 aa  778    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  34.61 
 
 		 1155 aa  692    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.86 
 
 		 1169 aa  732    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  39.98 
 
 		 1147 aa  758    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  41.42 
 
 		 1157 aa  751    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.57 
 
 		 1176 aa  774    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  37.83 
 
 		 1207 aa  764    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  37.85 
 
 		 1165 aa  661    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 		 1122 aa  679    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  39.25 
 
 		 1164 aa  748    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  41.85 
 
 		 1150 aa  762    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.75 
 
 		 1176 aa  779    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1178 aa  775    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.55 
 
 		 1176 aa  772    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  40.18 
 
 		 1157 aa  726    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1153 aa  734    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1153 aa  741    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  41.8 
 
 		 1150 aa  764    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1484  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1243 aa  713    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.704172  normal  0.0864414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  39.86 
 
 		 1147 aa  756    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  40.69 
 
 		 1210 aa  702    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1260  transcription-repair coupling factor  40.29 
 
 		 1159 aa  667    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.843901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  42.38 
 
 		 1146 aa  763    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  40.09 
 
 		 1174 aa  761    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 		 1188 aa  646    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  40.09 
 
 		 1189 aa  725    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  40.99 
 
 		 1158 aa  784    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  41.98 
 
 		 1149 aa  776    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  40.02 
 
 		 1165 aa  693    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1161 aa  2334    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  39.58 
 
 		 1163 aa  704    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1192 aa  640    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  52.89 
 
 		 1158 aa  1168    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  37.75 
 
 		 1152 aa  695    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  39.01 
 
 		 1159 aa  750    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.75 
 
 		 1176 aa  779    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1153 aa  670    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  40.59 
 
 		 1156 aa  743    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  39.05 
 
 		 1177 aa  694    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  42.34 
 
 		 1183 aa  811    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  40.54 
 
 		 1217 aa  732    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  45.3 
 
 		 1241 aa  870    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  41.28 
 
 		 1208 aa  710    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1171 aa  744    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  39.01 
 
 		 1164 aa  694    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  39.72 
 
 		 1153 aa  682    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  40.59 
 
 		 1175 aa  724    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  38.45 
 
 		 1153 aa  760    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  38.48 
 
 		 1172 aa  725    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  39.86 
 
 		 1134 aa  761    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1166 aa  649    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  40.2 
 
 		 1160 aa  739    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 		 1179 aa  729    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  39.02 
 
 		 1172 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  41.35 
 
 		 1150 aa  771    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  40.43 
 
 		 1173 aa  760    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1664  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1243 aa  712    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1955  transcription-repair coupling factor  40.2 
 
 		 1150 aa  711    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39.26 
 
 		 1182 aa  777    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  39.29 
 
 		 1149 aa  712    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1194 aa  675    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  39.8 
 
 		 1164 aa  717    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1211 aa  649    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  41.18 
 
 		 1054 aa  652    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  39.55 
 
 		 1160 aa  777    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  39.02 
 
 		 1167 aa  698    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  35.69 
 
 		 1122 aa  639    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.83 
 
 		 1162 aa  781    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1162 aa  786    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  40.65 
 
 		 1143 aa  765    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  38.77 
 
 		 1212 aa  645    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  38.39 
 
 		 1160 aa  735    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1160 aa  737    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  41.66 
 
 		 1166 aa  756    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1178 aa  738    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  36.6 
 
 		 1073 aa  676    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 		 1172 aa  749    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  39.11 
 
 		 1161 aa  716    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  41.71 
 
 		 1148 aa  765    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1162 aa  704    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1188 aa  689    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  44.8 
 
 		 1165 aa  657    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  37.53 
 
 		 1179 aa  712    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  39.12 
 
 		 1168 aa  724    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1222 aa  651    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1163 aa  691    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  44.47 
 
 		 1189 aa  882    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  41.29 
 
 		 1198 aa  820    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  39.11 
 
 		 1160 aa  735    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  40.02 
 
 		 1192 aa  657    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  51.07 
 
 		 1177 aa  1117    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  39.5 
 
 		 1154 aa  683    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  37.8 
 
 		 1224 aa  676    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  39.98 
 
 		 1155 aa  761    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1211 aa  649    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>