More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cagg_3741 on replicon NC_011831
Organism: Chloroflexus aggregans DSM 9485



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  41.48 
 
 		 1148 aa  761    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  41.48 
 
 		 1164 aa  760    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  43.63 
 
 		 1148 aa  893    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  44.61 
 
 		 1157 aa  778    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1178 aa  796    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  37.9 
 
 		 1171 aa  637    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1155 aa  712    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1169 aa  790    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  41.36 
 
 		 1147 aa  714    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  41.22 
 
 		 1157 aa  719    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  41.59 
 
 		 1176 aa  854    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  38.41 
 
 		 1207 aa  722    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  39.47 
 
 		 1165 aa  709    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  34.9 
 
 		 1167 aa  667    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  39.5 
 
 		 1164 aa  728    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  41.22 
 
 		 1211 aa  758    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  41.59 
 
 		 1176 aa  853    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  41.59 
 
 		 1178 aa  854    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  41.59 
 
 		 1176 aa  856    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  40.6 
 
 		 1212 aa  741    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  40.41 
 
 		 1162 aa  729    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1121 aa  695    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  40.23 
 
 		 1162 aa  712    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1484  transcription-repair coupling factor  38.2 
 
 		 1243 aa  662    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.704172  normal  0.0864414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  40.42 
 
 		 1147 aa  701    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 		 1210 aa  786    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  34.47 
 
 		 1167 aa  668    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  42.87 
 
 		 1147 aa  701    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  40.05 
 
 		 1146 aa  684    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  38.91 
 
 		 1174 aa  647    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1188 aa  700    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1163 aa  672    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  41.07 
 
 		 1148 aa  741    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0929  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1180 aa  646    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.574552  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  40.67 
 
 		 1198 aa  733    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  43.17 
 
 		 1161 aa  759    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  40.79 
 
 		 1156 aa  681    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  40.81 
 
 		 1216 aa  748    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  39.06 
 
 		 1192 aa  701    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  44.2 
 
 		 1148 aa  921    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  39.14 
 
 		 1192 aa  680    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  43.62 
 
 		 1158 aa  805    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  43.09 
 
 		 1169 aa  860    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1159 aa  682    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  41.59 
 
 		 1176 aa  853    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.77 
 
 		 1179 aa  757    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  39.64 
 
 		 1153 aa  711    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  40.26 
 
 		 1156 aa  696    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  42.91 
 
 		 1183 aa  850    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  41.38 
 
 		 1173 aa  729    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  38.91 
 
 		 1193 aa  665    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  43.78 
 
 		 1208 aa  790    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  42.18 
 
 		 1193 aa  764    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1164 aa  653    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  39.88 
 
 		 1184 aa  660    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  40 
 
 		 1153 aa  709    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  59.97 
 
 		 1265 aa  1362    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  40.61 
 
 		 1134 aa  712    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  40.69 
 
 		 1160 aa  694    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1168 aa  790    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1166 aa  732    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  40.41 
 
 		 1150 aa  700    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1636  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1271 aa  667    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000538763  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1664  transcription-repair coupling factor  38.27 
 
 		 1243 aa  664    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200808 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1168 aa  790    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  48.17 
 
 		 1182 aa  652    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  50.7 
 
 		 1234 aa  677    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  40.79 
 
 		 1156 aa  677    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  41.22 
 
 		 1211 aa  757    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 		 1137 aa  731    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  39.14 
 
 		 1160 aa  711    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  41.35 
 
 		 1148 aa  713    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1122 aa  674    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  39.51 
 
 		 1162 aa  806    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  39.36 
 
 		 1162 aa  800    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  50 
 
 		 1143 aa  643    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  36.15 
 
 		 1180 aa  678    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1160 aa  725    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  39.26 
 
 		 1160 aa  728    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  40.15 
 
 		 1166 aa  697    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  40.46 
 
 		 1178 aa  723    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  39.95 
 
 		 1073 aa  736    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1172 aa  649    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  41.19 
 
 		 1185 aa  679    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  41.26 
 
 		 1148 aa  713    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  39.27 
 
 		 1162 aa  752    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  45.96 
 
 		 1188 aa  642    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1165 aa  771    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1179 aa  737    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  40.53 
 
 		 1168 aa  741    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  41.4 
 
 		 1222 aa  724    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  40.79 
 
 		 1156 aa  677    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  41.03 
 
 		 1189 aa  746    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 		 1198 aa  718    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  41.77 
 
 		 1155 aa  757    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  42.38 
 
 		 1192 aa  748    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.23 
 
 		 1177 aa  766    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  41.22 
 
 		 1211 aa  757    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  42.77 
 
 		 1159 aa  798    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  40.82 
 
 		 1224 aa  770    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>