More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_1202 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.35 
 
 		 1157 aa  692    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  45.92 
 
 		 1183 aa  645    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 		 1158 aa  679    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1148 aa  652    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  35.26 
 
 		 1157 aa  661    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1168 aa  642    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  47.26 
 
 		 1122 aa  1053    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  44.76 
 
 		 1176 aa  656    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1059 aa  675    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  35.34 
 
 		 1157 aa  662    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  44.76 
 
 		 1176 aa  656    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  44.76 
 
 		 1178 aa  655    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  44.76 
 
 		 1176 aa  656    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 		 1177 aa  704    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  67.13 
 
 		 1109 aa  1535    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1123 aa  642    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  33.99 
 
 		 1229 aa  636    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  34.58 
 
 		 1155 aa  638    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  44.76 
 
 		 1176 aa  655    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  45.07 
 
 		 1176 aa  665    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  35.75 
 
 		 1188 aa  657    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1116 aa  749    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  33.65 
 
 		 1158 aa  643    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  35.57 
 
 		 1169 aa  674    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1161 aa  659    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0630  transcription-repair coupling factor  41.33 
 
 		 1109 aa  719    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1099 aa  752    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 		 1158 aa  687    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  36.51 
 
 		 1103 aa  707    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1195  transcription-repair coupling factor  34.76 
 
 		 1157 aa  641    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.865219  normal  0.466133 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  44.76 
 
 		 1176 aa  656    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  45.23 
 
 		 1112 aa  944    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  33.7 
 
 		 1153 aa  648    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  34.96 
 
 		 1174 aa  652    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1182 aa  694    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  44.76 
 
 		 1176 aa  656    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  52.76 
 
 		 1115 aa  1214    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1165 aa  656    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  36.41 
 
 		 1148 aa  662    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  70.26 
 
 		 1126 aa  1631    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 		 1179 aa  690    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  35.57 
 
 		 1150 aa  664    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  36.41 
 
 		 1154 aa  655    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1168 aa  642    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  48.55 
 
 		 1126 aa  1109    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  41.96 
 
 		 1197 aa  661    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  50.27 
 
 		 1126 aa  1157    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  46.59 
 
 		 1123 aa  1028    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  35.55 
 
 		 1157 aa  690    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  44.26 
 
 		 1176 aa  652    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  38.72 
 
 		 1176 aa  746    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  35.85 
 
 		 1159 aa  685    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  49.87 
 
 		 1122 aa  1133    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1162 aa  686    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  36.73 
 
 		 1162 aa  687    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  36.3 
 
 		 1180 aa  672    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 		 1165 aa  692    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1107 aa  733    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  44.62 
 
 		 1176 aa  658    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1141 aa  654    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1103 aa  711    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 		 1158 aa  684    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1120 aa  730    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1170 aa  768    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1121 aa  2295    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  53.08 
 
 		 1113 aa  1216    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  35.15 
 
 		 1157 aa  664    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1127 aa  736    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  34.13 
 
 		 1157 aa  642    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  35.93 
 
 		 1168 aa  669    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  35.4 
 
 		 1166 aa  634  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1202 aa  631  1e-179  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  35.44 
 
 		 1143 aa  630  1e-179  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  32.89 
 
 		 1182 aa  626  1e-178  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  35.34 
 
 		 1073 aa  627  1e-178  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  32.79 
 
 		 1154 aa  627  1e-178  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  34.95 
 
 		 1166 aa  624  1e-177  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  33.81 
 
 		 1147 aa  625  1e-177  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003994  transcription-repair coupling factor  34.96 
 
 		 1153 aa  624  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  34.3 
 
 		 1148 aa  623  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  39.54 
 
 		 1177 aa  622  1e-176  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  34.21 
 
 		 1148 aa  622  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  34.32 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.84 
 
 		 1153 aa  619  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  34.34 
 
 		 1211 aa  622  1e-176  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  34.17 
 
 		 1149 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.808978 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  34.04 
 
 		 1176 aa  620  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  34.34 
 
 		 1211 aa  622  1e-176  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  34.34 
 
 		 1211 aa  622  1e-176  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  34.55 
 
 		 1165 aa  618  1e-175  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  36.1 
 
 		 1194 aa  617  1e-175  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  33.09 
 
 		 1193 aa  617  1e-175  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  32.96 
 
 		 1192 aa  618  1e-175  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  34.62 
 
 		 1112 aa  618  1e-175  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  36.35 
 
 		 1157 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  35.86 
 
 		 1178 aa  615  9.999999999999999e-175  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  41.47 
 
 		 1265 aa  613  9.999999999999999e-175  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  35.05 
 
 		 1153 aa  615  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  44.35 
 
 		 1246 aa  613  9.999999999999999e-175  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  35.78 
 
 		 1179 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>