More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1774 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  38.9 
 
 		 1107 aa  715    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1122 aa  2281    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  34.29 
 
 		 1169 aa  640    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  34.89 
 
 		 1150 aa  636    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  37.35 
 
 		 1196 aa  674    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  45.83 
 
 		 1112 aa  929    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  47.5 
 
 		 1113 aa  1001    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0630  transcription-repair coupling factor  41.95 
 
 		 1109 aa  694    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  39.57 
 
 		 1099 aa  724    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1123 aa  665    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  43.19 
 
 		 1183 aa  651    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  35.02 
 
 		 1170 aa  654    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  47.26 
 
 		 1121 aa  1053    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  42.52 
 
 		 1103 aa  702    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  48.35 
 
 		 1109 aa  1084    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1120 aa  723    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39.23 
 
 		 1182 aa  663    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  45.96 
 
 		 1126 aa  1004    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  47.2 
 
 		 1115 aa  1021    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  45.5 
 
 		 1122 aa  996    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  33.81 
 
 		 1162 aa  647    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  33.81 
 
 		 1162 aa  645    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1197 aa  700    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 		 1103 aa  698    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  34.86 
 
 		 1176 aa  636    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  35.29 
 
 		 1162 aa  673    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  35.85 
 
 		 1165 aa  661    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  35.43 
 
 		 1179 aa  653    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1168 aa  644    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  42.28 
 
 		 1123 aa  934    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  47.28 
 
 		 1126 aa  1061    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  39.87 
 
 		 1127 aa  716    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  45.95 
 
 		 1126 aa  1017    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  39.77 
 
 		 1116 aa  716    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  34.64 
 
 		 1179 aa  634  1e-180  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  35.53 
 
 		 1165 aa  632  1e-180  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1073 aa  633  1e-180  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  46.05 
 
 		 1182 aa  629  1e-179  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  42.38 
 
 		 1176 aa  630  1e-179  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1158 aa  631  1e-179  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  42.06 
 
 		 1176 aa  631  1e-179  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1112 aa  630  1e-179  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  43.03 
 
 		 1176 aa  629  1e-178  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  43.03 
 
 		 1176 aa  629  1e-178  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  43.03 
 
 		 1178 aa  629  1e-178  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  43.03 
 
 		 1176 aa  629  1e-178  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  43.03 
 
 		 1176 aa  629  1e-178  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  43.67 
 
 		 1183 aa  626  1e-178  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  43.03 
 
 		 1176 aa  629  1e-178  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  43.03 
 
 		 1176 aa  629  1e-178  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  42.35 
 
 		 1176 aa  627  1e-178  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 		 1164 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1210 aa  624  1e-177  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  43.39 
 
 		 1169 aa  623  1e-177  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  42.03 
 
 		 1176 aa  623  1e-177  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  41.96 
 
 		 1177 aa  620  1e-176  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39.93 
 
 		 1165 aa  619  1e-176  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  34.41 
 
 		 1059 aa  620  1e-176  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  35.63 
 
 		 1189 aa  620  1e-176  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1157 aa  619  1e-175  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1160 aa  618  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  35.18 
 
 		 1148 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1160 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  33.36 
 
 		 1180 aa  613  9.999999999999999e-175  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  33.71 
 
 		 1198 aa  615  9.999999999999999e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  43.23 
 
 		 1177 aa  615  9.999999999999999e-175  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  35.27 
 
 		 1148 aa  611  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  36.78 
 
 		 1148 aa  612  1e-173  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  35 
 
 		 1148 aa  609  1e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  34.68 
 
 		 1168 aa  610  1e-173  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  35.27 
 
 		 1148 aa  611  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.08 
 
 		 1157 aa  612  1e-173  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  35.73 
 
 		 1157 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  35.73 
 
 		 1157 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  35.94 
 
 		 1189 aa  609  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  35.94 
 
 		 1189 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  35.94 
 
 		 1189 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  35.94 
 
 		 1189 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  35.94 
 
 		 1189 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  35.09 
 
 		 1164 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1023  transcription-repair coupling factor  37.64 
 
 		 1168 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  34.71 
 
 		 1148 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  43.65 
 
 		 1246 aa  603  1.0000000000000001e-171  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  35.18 
 
 		 1164 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  34.71 
 
 		 1148 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  35.18 
 
 		 1148 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  34.19 
 
 		 1188 aa  603  1.0000000000000001e-171  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  35.18 
 
 		 1148 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  34.71 
 
 		 1148 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  35.68 
 
 		 1217 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  35.18 
 
 		 1148 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  35.58 
 
 		 1156 aa  601  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  43.91 
 
 		 1265 aa  601  1e-170  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  34.62 
 
 		 1148 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  35.77 
 
 		 1156 aa  601  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  33.82 
 
 		 1165 aa  597  1e-169  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0064  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1201 aa  598  1e-169  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.862894  normal  0.0454923 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  33.48 
 
 		 1166 aa  597  1e-169  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  34.46 
 
 		 1148 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  41.44 
 
 		 1168 aa  598  1e-169  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>