More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0022 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  47.5 
 
 		 1122 aa  1020    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.18 
 
 		 1155 aa  640    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 		 1103 aa  716    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1176 aa  686    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 		 1176 aa  686    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  35.9 
 
 		 1158 aa  661    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1176 aa  686    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  43.99 
 
 		 1103 aa  737    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1176 aa  685    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 		 1178 aa  686    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  36.78 
 
 		 1176 aa  685    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1176 aa  690    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  50.8 
 
 		 1123 aa  1156    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  44.23 
 
 		 1183 aa  673    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  37.41 
 
 		 1177 aa  693    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1157 aa  673    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  37.46 
 
 		 1188 aa  639    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  35.92 
 
 		 1158 aa  662    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0630  transcription-repair coupling factor  43.4 
 
 		 1109 aa  730    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  34.52 
 
 		 1192 aa  654    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  44.43 
 
 		 1099 aa  756    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 		 1176 aa  686    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1176 aa  685    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  35.79 
 
 		 1168 aa  661    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  34.82 
 
 		 1153 aa  647    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  36.78 
 
 		 1123 aa  685    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  44.4 
 
 		 1197 aa  636    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  34.56 
 
 		 1169 aa  661    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  36.11 
 
 		 1176 aa  646    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  45.86 
 
 		 1112 aa  964    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  53.08 
 
 		 1121 aa  1229    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1157 aa  672    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  53.68 
 
 		 1126 aa  1268    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  53.6 
 
 		 1122 aa  1247    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1180 aa  640    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.14 
 
 		 1176 aa  684    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  35.74 
 
 		 1073 aa  649    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  54.63 
 
 		 1115 aa  1259    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1162 aa  657    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  40.26 
 
 		 1116 aa  739    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  56.07 
 
 		 1126 aa  1230    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1113 aa  2274    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  35.64 
 
 		 1174 aa  654    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  35.38 
 
 		 1150 aa  649    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  52.08 
 
 		 1109 aa  1173    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  43.26 
 
 		 1127 aa  724    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  43.23 
 
 		 1246 aa  641    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  43.37 
 
 		 1107 aa  738    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  53.16 
 
 		 1126 aa  1218    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1177 aa  672    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  37.02 
 
 		 1170 aa  711    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  39.85 
 
 		 1120 aa  744    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 		 1148 aa  635  1e-180  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1149 aa  635  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.808978 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  33.65 
 
 		 1192 aa  635  1e-180  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  48.83 
 
 		 1265 aa  634  1e-180  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  34.13 
 
 		 1154 aa  633  1e-180  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  33.95 
 
 		 1207 aa  632  1e-179  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  36.01 
 
 		 1059 aa  631  1e-179  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1689  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1141 aa  632  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281852 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  34.8 
 
 		 1179 aa  632  1e-179  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  47.94 
 
 		 1182 aa  630  1e-179  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  34.19 
 
 		 1166 aa  632  1e-179  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  43.14 
 
 		 1169 aa  631  1e-179  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  34.64 
 
 		 1164 aa  627  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 		 1149 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  35.04 
 
 		 1148 aa  626  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  34.73 
 
 		 1164 aa  627  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  34.73 
 
 		 1148 aa  627  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  34.12 
 
 		 1167 aa  628  1e-178  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 		 1149 aa  628  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  34.77 
 
 		 1148 aa  627  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  34.64 
 
 		 1155 aa  629  1e-178  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  34.79 
 
 		 1148 aa  625  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  34.7 
 
 		 1148 aa  625  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  46.89 
 
 		 1176 aa  622  1e-177  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  34.03 
 
 		 1167 aa  623  1e-177  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  45.42 
 
 		 1161 aa  623  1e-177  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  34.79 
 
 		 1148 aa  625  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  34.64 
 
 		 1148 aa  624  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.12 
 
 		 1153 aa  624  1e-177  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  45.71 
 
 		 1159 aa  623  1e-177  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  38.72 
 
 		 1141 aa  624  1e-177  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  33.75 
 
 		 1193 aa  622  1e-177  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  34.25 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14570  transcription-repair coupling factor  35.74 
 
 		 1149 aa  622  1e-176  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  34.25 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  47.98 
 
 		 1158 aa  620  1e-176  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  34.25 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  42.91 
 
 		 1162 aa  622  1e-176  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  34.25 
 
 		 1148 aa  622  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  43.48 
 
 		 1182 aa  620  1e-176  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  34.56 
 
 		 1189 aa  620  1e-176  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  34.16 
 
 		 1148 aa  618  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  44.55 
 
 		 1179 aa  617  1e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  46.76 
 
 		 1178 aa  619  1e-175  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  42.65 
 
 		 1162 aa  617  1e-175  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  43.87 
 
 		 1165 aa  619  1e-175  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  34.86 
 
 		 1179 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10301  transcriptional-repair coupling factor  34.22 
 
 		 1170 aa  613  9.999999999999999e-175  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>