More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_0011 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.75 
 
 		 1148 aa  699    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1164 aa  695    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.32 
 
 		 1148 aa  697    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  40.15 
 
 		 1157 aa  702    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  35.75 
 
 		 1167 aa  672    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  35.29 
 
 		 1122 aa  673    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  40.48 
 
 		 1155 aa  726    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  44.05 
 
 		 1169 aa  965    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1162 aa  700    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  35.8 
 
 		 1157 aa  667    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  48 
 
 		 1176 aa  1068    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  35.41 
 
 		 1193 aa  659    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  58.67 
 
 		 1165 aa  1342    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  37.96 
 
 		 1164 aa  700    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  36.75 
 
 		 1150 aa  666    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  47.91 
 
 		 1176 aa  1066    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  48 
 
 		 1178 aa  1066    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  48.38 
 
 		 1176 aa  1066    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  35.75 
 
 		 1157 aa  662    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1153 aa  682    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1153 aa  684    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  37 
 
 		 1150 aa  671    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1161 aa  659    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  35.75 
 
 		 1157 aa  662    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1210 aa  686    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  36.02 
 
 		 1167 aa  675    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1212 aa  671    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1146 aa  673    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  35.75 
 
 		 1189 aa  663    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  38.91 
 
 		 1188 aa  701    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  35.75 
 
 		 1189 aa  662    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  36.37 
 
 		 1158 aa  681    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1149 aa  684    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  35.75 
 
 		 1189 aa  663    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1161 aa  697    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1156 aa  654    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.01 
 
 		 1148 aa  726    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1192 aa  667    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  38.8 
 
 		 1155 aa  713    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  35.92 
 
 		 1192 aa  654    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40.15 
 
 		 1158 aa  747    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  40.11 
 
 		 1159 aa  751    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  36.48 
 
 		 1173 aa  699    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  47.91 
 
 		 1176 aa  1066    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0961  transcriptional-repair coupling factor  35.44 
 
 		 1174 aa  638    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.489301  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  36.12 
 
 		 1153 aa  678    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36.35 
 
 		 1148 aa  672    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1211 aa  662    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.1 
 
 		 1183 aa  823    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  35.43 
 
 		 1217 aa  655    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  46.72 
 
 		 1179 aa  1069    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1208 aa  661    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  37.94 
 
 		 1166 aa  693    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  34.84 
 
 		 1216 aa  659    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  35.75 
 
 		 1189 aa  662    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  35.91 
 
 		 1175 aa  648    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.19 
 
 		 1153 aa  672    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  42.45 
 
 		 1169 aa  861    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.07 
 
 		 1134 aa  678    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1224 aa  699    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  35.54 
 
 		 1160 aa  669    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1179 aa  700    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1593  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1145 aa  691    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.383279 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 		 1147 aa  676    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1160 aa  714    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  36.53 
 
 		 1163 aa  687    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1211 aa  662    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  47.56 
 
 		 1182 aa  643    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  43.68 
 
 		 1178 aa  866    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  36.73 
 
 		 1156 aa  652    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1211 aa  662    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1155 aa  699    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  44.71 
 
 		 1168 aa  952    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1198 aa  649    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  34.18 
 
 		 1122 aa  652    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  43.27 
 
 		 1162 aa  871    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  44 
 
 		 1162 aa  870    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 		 1143 aa  675    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1162 aa  676    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1160 aa  696    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1160 aa  696    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1166 aa  679    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1178 aa  698    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1073 aa  762    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1172 aa  637    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  35.4 
 
 		 1185 aa  652    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1148 aa  682    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1162 aa  2368    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  45.48 
 
 		 1188 aa  973    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  47.42 
 
 		 1165 aa  1035    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  44.6 
 
 		 1179 aa  1001    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  58.22 
 
 		 1168 aa  1351    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1222 aa  671    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  36.73 
 
 		 1156 aa  652    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1189 aa  718    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.07 
 
 		 1198 aa  659    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1160 aa  693    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1192 aa  672    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.57 
 
 		 1177 aa  744    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1127 aa  663    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>