More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2754 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1157 aa  731    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1168 aa  721    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  40.24 
 
 		 1148 aa  729    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  40.35 
 
 		 1157 aa  697    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  45.77 
 
 		 1178 aa  685    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  45.83 
 
 		 1122 aa  943    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1155 aa  729    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  44.65 
 
 		 1169 aa  669    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  38.58 
 
 		 1147 aa  647    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  37.72 
 
 		 1157 aa  674    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  40.24 
 
 		 1176 aa  766    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  50.21 
 
 		 1159 aa  678    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  37.91 
 
 		 1165 aa  652    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  44.71 
 
 		 1207 aa  660    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  37.07 
 
 		 1161 aa  650    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  34.22 
 
 		 1167 aa  639    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  40.24 
 
 		 1176 aa  767    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  40.06 
 
 		 1178 aa  764    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  40.06 
 
 		 1176 aa  763    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1174 aa  705    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  38.34 
 
 		 1153 aa  682    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  38.42 
 
 		 1153 aa  681    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 		 1147 aa  651    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  49.81 
 
 		 1265 aa  701    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  36.75 
 
 		 1147 aa  646    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  39.14 
 
 		 1176 aa  759    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  34.84 
 
 		 1167 aa  656    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.26 
 
 		 1169 aa  746    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  40.26 
 
 		 1146 aa  645    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  39.46 
 
 		 1188 aa  675    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  35.92 
 
 		 1179 aa  691    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  42.89 
 
 		 1165 aa  695    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  38.39 
 
 		 1156 aa  659    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  39.11 
 
 		 1156 aa  661    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  47.18 
 
 		 1161 aa  649    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  38.61 
 
 		 1156 aa  660    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0630  transcription-repair coupling factor  45.43 
 
 		 1109 aa  765    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  40.06 
 
 		 1176 aa  779    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  46.94 
 
 		 1099 aa  803    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1162 aa  644    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40.27 
 
 		 1158 aa  746    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2006  transcription-repair coupling factor  39.22 
 
 		 1155 aa  652    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000316908 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1159 aa  648    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  40.24 
 
 		 1176 aa  767    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1163 aa  645    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1157 aa  731    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1156 aa  655    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2989  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1205 aa  665    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.147706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  46.6 
 
 		 1183 aa  709    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  40.63 
 
 		 1217 aa  652    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  40.41 
 
 		 1241 aa  661    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.6 
 
 		 1166 aa  674    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  40.17 
 
 		 1148 aa  733    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  37.6 
 
 		 1175 aa  652    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  37.62 
 
 		 1153 aa  652    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1134 aa  642    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1160 aa  646    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  39.35 
 
 		 1160 aa  677    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  37 
 
 		 1179 aa  641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  37.93 
 
 		 1150 aa  664    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1137 aa  658    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1182 aa  702    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1155 aa  666    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 		 1157 aa  655    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  38.47 
 
 		 1156 aa  660    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  41.84 
 
 		 1246 aa  785    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  41.78 
 
 		 1054 aa  667    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  35.87 
 
 		 1160 aa  644    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  45.23 
 
 		 1121 aa  958    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  44.11 
 
 		 1122 aa  974    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.8 
 
 		 1162 aa  773    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1162 aa  766    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1143 aa  666    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  39.32 
 
 		 1180 aa  662    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1157 aa  653    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1859  transcription-repair coupling factor  38.78 
 
 		 1156 aa  657    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0201793  hitchhiker  0.000194707 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  39.65 
 
 		 1166 aa  654    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  39.71 
 
 		 1176 aa  715    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  40.41 
 
 		 1073 aa  728    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  38.78 
 
 		 1185 aa  659    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1164 aa  654    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1162 aa  743    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1176 aa  667    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1165 aa  704    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  36.72 
 
 		 1179 aa  687    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1168 aa  673    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  38.94 
 
 		 1174 aa  658    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  38.47 
 
 		 1156 aa  660    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  40.38 
 
 		 1189 aa  757    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.58 
 
 		 1198 aa  671    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  38.2 
 
 		 1179 aa  753    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  40.62 
 
 		 1192 aa  640    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.77 
 
 		 1177 aa  743    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  43.33 
 
 		 1127 aa  796    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  41.65 
 
 		 1229 aa  698    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1168 aa  721    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1155 aa  662    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1157 aa  636    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  38.17 
 
 		 1184 aa  649    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  39.07 
 
 		 1212 aa  647    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>