More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0073 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  41.24 
 
 		 1103 aa  655    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  48.51 
 
 		 1150 aa  686    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  40.04 
 
 		 1176 aa  793    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.9 
 
 		 1148 aa  717    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  49.32 
 
 		 1157 aa  643    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1179 aa  748    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1122 aa  643    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  35.51 
 
 		 1115 aa  637    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  44.75 
 
 		 1169 aa  699    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  44.82 
 
 		 1188 aa  644    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  35.45 
 
 		 1109 aa  650    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  40.04 
 
 		 1176 aa  793    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  40.6 
 
 		 1183 aa  825    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  39.54 
 
 		 1165 aa  745    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  40.04 
 
 		 1176 aa  792    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  39.28 
 
 		 1170 aa  806    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  40.13 
 
 		 1176 aa  795    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  40.04 
 
 		 1178 aa  792    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  40.04 
 
 		 1176 aa  793    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  36.43 
 
 		 1123 aa  648    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  35.74 
 
 		 1153 aa  655    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  35.74 
 
 		 1153 aa  657    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  40.31 
 
 		 1182 aa  748    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  40.31 
 
 		 1112 aa  729    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  45.53 
 
 		 1210 aa  654    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  45.04 
 
 		 1196 aa  743    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  39.89 
 
 		 1176 aa  786    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.38 
 
 		 1148 aa  727    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1188 aa  674    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  36.05 
 
 		 1150 aa  665    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1158 aa  650    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  44.65 
 
 		 1168 aa  692    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  36.6 
 
 		 1161 aa  684    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  38.18 
 
 		 1059 aa  694    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1023  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1168 aa  671    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  46.42 
 
 		 1165 aa  758    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  39.96 
 
 		 1099 aa  654    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  35.11 
 
 		 1192 aa  644    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  47.13 
 
 		 1158 aa  674    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  44.77 
 
 		 1178 aa  753    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  40.65 
 
 		 1141 aa  786    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  40.13 
 
 		 1176 aa  795    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  49.77 
 
 		 1159 aa  673    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  36.33 
 
 		 1153 aa  684    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  40.07 
 
 		 1197 aa  774    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  45.99 
 
 		 1183 aa  766    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  45.39 
 
 		 1197 aa  732    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  40.62 
 
 		 1176 aa  806    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  47.79 
 
 		 1208 aa  650    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  34.38 
 
 		 1169 aa  643    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  0.0000230767 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  49.25 
 
 		 1174 aa  701    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  36.45 
 
 		 1150 aa  677    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  43.79 
 
 		 1202 aa  636    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  35.72 
 
 		 1176 aa  675    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1179 aa  777    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  45.9 
 
 		 1169 aa  642    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  47.86 
 
 		 1207 aa  683    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  44.65 
 
 		 1168 aa  692    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  43.13 
 
 		 1165 aa  644    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  49.45 
 
 		 1265 aa  695    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0967  transcription-repair coupling factor  34.1 
 
 		 1170 aa  660    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.8826  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1182 aa  693    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  38.97 
 
 		 1169 aa  758    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1157 aa  671    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  48.11 
 
 		 1157 aa  654    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1123 aa  786    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  40.67 
 
 		 1054 aa  638    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  34.96 
 
 		 1160 aa  637    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0665  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1187 aa  645    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  35.74 
 
 		 1113 aa  647    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  39.94 
 
 		 1162 aa  799    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  39.7 
 
 		 1162 aa  794    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 		 1176 aa  765    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1180 aa  659    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  35.97 
 
 		 1157 aa  641    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  51.39 
 
 		 1246 aa  699    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  36.14 
 
 		 1126 aa  640    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1157 aa  670    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1073 aa  2184    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1150 aa  686    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  48.11 
 
 		 1157 aa  654    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1162 aa  774    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1188 aa  714    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1165 aa  765    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1179 aa  716    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  39.21 
 
 		 1168 aa  749    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1013  transcription-repair coupling factor  44.01 
 
 		 1205 aa  641    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0526678 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1176 aa  792    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 		 1189 aa  721    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  34.57 
 
 		 1198 aa  641    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08480  transcription-repair coupling factor Mfd  34.25 
 
 		 1155 aa  639    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.13697  normal  0.343175 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 		 1177 aa  785    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  46.85 
 
 		 1177 aa  661    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  39.57 
 
 		 1127 aa  640    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  35.63 
 
 		 1148 aa  644    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  39.32 
 
 		 1177 aa  739    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  39.31 
 
 		 1154 aa  737    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1120 aa  669    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  53.85 
 
 		 1176 aa  712    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  35.22 
 
 		 1174 aa  653    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>