More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3453 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1177 aa  657    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  59.84 
 
 		 1126 aa  1435    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  45.5 
 
 		 1122 aa  996    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  35.47 
 
 		 1150 aa  658    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  48.6 
 
 		 1109 aa  1112    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1176 aa  665    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  35.79 
 
 		 1157 aa  639    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  52.52 
 
 		 1126 aa  1201    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1176 aa  664    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  35.72 
 
 		 1178 aa  669    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1176 aa  665    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1103 aa  673    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 		 1112 aa  644    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  49.87 
 
 		 1121 aa  1133    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  44.11 
 
 		 1112 aa  958    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  34.69 
 
 		 1169 aa  641    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  60.43 
 
 		 1115 aa  1423    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  43.07 
 
 		 1183 aa  638    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0630  transcription-repair coupling factor  43.52 
 
 		 1109 aa  712    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  39.79 
 
 		 1099 aa  735    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 		 1158 aa  661    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1123 aa  660    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  39.64 
 
 		 1103 aa  721    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1176 aa  664    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  35.82 
 
 		 1176 aa  673    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  34.05 
 
 		 1153 aa  638    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  40.3 
 
 		 1107 aa  707    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1183 aa  652    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  53.6 
 
 		 1113 aa  1237    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1176 aa  650    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  38.48 
 
 		 1116 aa  742    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  34.81 
 
 		 1176 aa  640    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1176 aa  665    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  35.8 
 
 		 1157 aa  642    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1059 aa  643    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  35.58 
 
 		 1157 aa  646    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1168 aa  650    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  36.05 
 
 		 1176 aa  677    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  51 
 
 		 1126 aa  1134    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  35.7 
 
 		 1176 aa  665    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1122 aa  2307    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  35 
 
 		 1162 aa  653    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1162 aa  654    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1120 aa  744    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  40.53 
 
 		 1170 aa  651    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  35.07 
 
 		 1158 aa  649    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1182 aa  674    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  34.18 
 
 		 1162 aa  652    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  34.95 
 
 		 1174 aa  638    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  35.11 
 
 		 1169 aa  655    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  36.39 
 
 		 1196 aa  664    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  53.43 
 
 		 1123 aa  1212    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1127 aa  731    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  34.86 
 
 		 1158 aa  646    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  35.31 
 
 		 1157 aa  645    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1182 aa  635  1e-180  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  43.57 
 
 		 1155 aa  631  1e-179  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  33.95 
 
 		 1169 aa  631  1e-179  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  35.69 
 
 		 1161 aa  630  1e-179  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  33.8 
 
 		 1180 aa  630  1e-179  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  34.3 
 
 		 1168 aa  627  1e-178  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  33.09 
 
 		 1192 aa  627  1e-178  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  34.3 
 
 		 1168 aa  627  1e-178  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  34.65 
 
 		 1177 aa  627  1e-178  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  35.08 
 
 		 1157 aa  623  1e-177  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  42.41 
 
 		 1176 aa  625  1e-177  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  35 
 
 		 1168 aa  623  1e-177  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  32.34 
 
 		 1179 aa  624  1e-177  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1148 aa  622  1e-176  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  35.83 
 
 		 1157 aa  622  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1157 aa  622  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  35.03 
 
 		 1073 aa  622  1e-176  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  34.64 
 
 		 1189 aa  621  1e-176  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 		 1177 aa  618  1e-175  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  32.91 
 
 		 1192 aa  616  1e-175  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  33.78 
 
 		 1155 aa  616  1e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.16 
 
 		 1160 aa  618  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  35.13 
 
 		 1148 aa  616  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  35.97 
 
 		 1160 aa  618  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1164 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  34.16 
 
 		 1150 aa  614  9.999999999999999e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  34.44 
 
 		 1188 aa  615  9.999999999999999e-175  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.5 
 
 		 1157 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  35.32 
 
 		 1148 aa  615  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  33.69 
 
 		 1166 aa  615  9.999999999999999e-175  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003994  transcription-repair coupling factor  34.93 
 
 		 1153 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.16 
 
 		 1160 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1148 aa  614  9.999999999999999e-175  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  35.44 
 
 		 1154 aa  614  9.999999999999999e-175  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  34.54 
 
 		 1150 aa  610  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  35.06 
 
 		 1148 aa  610  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  34.44 
 
 		 1150 aa  610  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  43.22 
 
 		 1179 aa  612  1e-173  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  34.9 
 
 		 1148 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  34.97 
 
 		 1164 aa  608  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  34.97 
 
 		 1148 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  34.97 
 
 		 1164 aa  608  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  33.66 
 
 		 1149 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  34.9 
 
 		 1148 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  34.28 
 
 		 1149 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.808978 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>