More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2147 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  43.99 
 
 		 1113 aa  736    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  42.52 
 
 		 1122 aa  710    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  59.82 
 
 		 1107 aa  1328    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  39.41 
 
 		 1115 aa  722    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1103 aa  2255    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  38.34 
 
 		 1182 aa  657    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  61.47 
 
 		 1120 aa  1363    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  65.85 
 
 		 1116 aa  1504    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  40.04 
 
 		 1148 aa  636    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  46.45 
 
 		 1112 aa  797    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0630  transcription-repair coupling factor  66.67 
 
 		 1109 aa  1481    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  71.58 
 
 		 1099 aa  1600    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  46.5 
 
 		 1170 aa  636    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1121 aa  720    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  47.38 
 
 		 1176 aa  636    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  42.76 
 
 		 1123 aa  720    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  39.64 
 
 		 1122 aa  727    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  35.32 
 
 		 1162 aa  654    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  35.41 
 
 		 1162 aa  652    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  43.7 
 
 		 1183 aa  645    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  41.05 
 
 		 1073 aa  650    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  38.95 
 
 		 1162 aa  656    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1165 aa  642    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  37.01 
 
 		 1109 aa  712    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  40.89 
 
 		 1126 aa  716    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1126 aa  715    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  70.09 
 
 		 1127 aa  1554    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1059 aa  658    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  39.06 
 
 		 1126 aa  726    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  47.58 
 
 		 1155 aa  634  1e-180  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  36.86 
 
 		 1189 aa  632  1e-180  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  39.37 
 
 		 1112 aa  631  1e-179  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1103 aa  632  1e-179  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1168 aa  630  1e-179  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  47.13 
 
 		 1176 aa  627  1e-178  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  37.08 
 
 		 1165 aa  629  1e-178  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  46.98 
 
 		 1176 aa  627  1e-178  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1148 aa  623  1e-177  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  46.72 
 
 		 1176 aa  625  1e-177  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  46.72 
 
 		 1176 aa  625  1e-177  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  46.72 
 
 		 1178 aa  625  1e-177  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  46.72 
 
 		 1176 aa  625  1e-177  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  46.72 
 
 		 1176 aa  625  1e-177  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  46.72 
 
 		 1176 aa  625  1e-177  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  46.72 
 
 		 1176 aa  625  1e-177  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  42.53 
 
 		 1169 aa  622  1e-176  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1157 aa  620  1e-176  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  46.22 
 
 		 1176 aa  617  1e-175  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 		 1150 aa  618  1e-175  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  45.9 
 
 		 1246 aa  619  1e-175  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1157 aa  617  1e-175  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  47.08 
 
 		 1265 aa  615  9.999999999999999e-175  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 		 1165 aa  614  9.999999999999999e-175  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  40.07 
 
 		 1196 aa  613  9.999999999999999e-175  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  42.35 
 
 		 1182 aa  615  9.999999999999999e-175  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  46.81 
 
 		 1177 aa  615  9.999999999999999e-175  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  42.88 
 
 		 1159 aa  610  1e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  45.91 
 
 		 1183 aa  612  1e-173  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  45.43 
 
 		 1197 aa  612  1e-173  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  38.41 
 
 		 1188 aa  608  9.999999999999999e-173  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  38.19 
 
 		 1169 aa  608  9.999999999999999e-173  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  46.07 
 
 		 1165 aa  608  9.999999999999999e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  38.57 
 
 		 1166 aa  606  9.999999999999999e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  43.75 
 
 		 1177 aa  606  9.999999999999999e-173  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  46.78 
 
 		 1158 aa  604  1.0000000000000001e-171  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1165 aa  605  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  46.2 
 
 		 1197 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  41.24 
 
 		 1177 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1172 aa  601  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  35.5 
 
 		 1176 aa  599  1e-170  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  45.9 
 
 		 1123 aa  600  1e-170  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  42.63 
 
 		 1178 aa  600  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  41.34 
 
 		 1179 aa  602  1e-170  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  43.47 
 
 		 1179 aa  600  1e-170  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  45.52 
 
 		 1157 aa  602  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  45.52 
 
 		 1157 aa  601  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  36.45 
 
 		 1171 aa  596  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  37.7 
 
 		 1153 aa  598  1e-169  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  37.7 
 
 		 1154 aa  598  1e-169  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3135  transcription-repair coupling factor  45.87 
 
 		 1164 aa  593  1e-168  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.223116  normal  0.109749 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1166 aa  594  1e-168  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  36.71 
 
 		 1164 aa  593  1e-168  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  45.74 
 
 		 1179 aa  593  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  37.86 
 
 		 1180 aa  593  1e-168  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  43.52 
 
 		 1207 aa  592  1e-167  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  45.47 
 
 		 1208 aa  590  1e-167  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  40.84 
 
 		 1179 aa  592  1e-167  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  39.37 
 
 		 1054 aa  590  1e-167  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1203 aa  587  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  42.63 
 
 		 1157 aa  588  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  41.65 
 
 		 1178 aa  589  1e-166  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  41.84 
 
 		 1168 aa  588  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1161 aa  587  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  43.09 
 
 		 1174 aa  586  1e-166  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  43.63 
 
 		 1169 aa  585  1.0000000000000001e-165  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  44.96 
 
 		 1161 aa  586  1.0000000000000001e-165  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  39.78 
 
 		 1174 aa  583  1.0000000000000001e-165  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07780  transcription-repair coupling factor Mfd  46.09 
 
 		 1212 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.784778  normal  0.111573 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  34.81 
 
 		 1153 aa  583  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  44.31 
 
 		 1160 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>