More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_2072 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.62 
 
 		 1148 aa  679    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1164 aa  679    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  41.74 
 
 		 1148 aa  793    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  42.55 
 
 		 1157 aa  749    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1122 aa  665    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.01 
 
 		 1155 aa  694    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1169 aa  768    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1147 aa  653    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  39.46 
 
 		 1157 aa  660    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  41.12 
 
 		 1176 aa  851    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1157 aa  640    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  39.29 
 
 		 1165 aa  747    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1164 aa  680    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  41.97 
 
 		 1193 aa  672    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  41.21 
 
 		 1176 aa  854    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  41.12 
 
 		 1178 aa  852    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  41.12 
 
 		 1176 aa  852    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1157 aa  640    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1153 aa  701    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1153 aa  706    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1168 aa  758    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  45 
 
 		 1210 aa  719    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1167 aa  702    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1162 aa  645    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  38.69 
 
 		 1179 aa  803    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1189 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  42.84 
 
 		 1188 aa  737    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1189 aa  639    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1158 aa  651    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1149 aa  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  46.98 
 
 		 1169 aa  976    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  41.59 
 
 		 1161 aa  764    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  42.6 
 
 		 1159 aa  788    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1189 aa  639    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  41.53 
 
 		 1192 aa  724    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  39.17 
 
 		 1193 aa  701    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  40.61 
 
 		 1192 aa  715    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  42.39 
 
 		 1158 aa  780    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  39.55 
 
 		 1152 aa  658    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  41.62 
 
 		 1148 aa  797    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  41.21 
 
 		 1176 aa  854    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  49.25 
 
 		 1216 aa  659    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  42.9 
 
 		 1153 aa  754    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  38.48 
 
 		 1156 aa  644    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  47.34 
 
 		 1183 aa  930    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  37.31 
 
 		 1217 aa  637    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1167 aa  702    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  41.78 
 
 		 1208 aa  701    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  37.12 
 
 		 1148 aa  675    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  37.31 
 
 		 1162 aa  669    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.36 
 
 		 1153 aa  650    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  38.32 
 
 		 1147 aa  636    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  39.3 
 
 		 1134 aa  665    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  41.32 
 
 		 1211 aa  713    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 		 1160 aa  638    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.16 
 
 		 1179 aa  650    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  39.98 
 
 		 1178 aa  830    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  37.52 
 
 		 1155 aa  682    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1162 aa  645    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  40.59 
 
 		 1182 aa  720    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  36.21 
 
 		 1121 aa  650    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1189 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  42.24 
 
 		 1166 aa  732    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  41.32 
 
 		 1211 aa  714    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  41 
 
 		 1234 aa  695    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  41.31 
 
 		 1265 aa  773    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09151  transcriptional-repair coupling factor  34.76 
 
 		 1175 aa  664    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 		 1122 aa  666    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  40.43 
 
 		 1162 aa  862    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  40.43 
 
 		 1162 aa  864    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1143 aa  672    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  38.05 
 
 		 1180 aa  700    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1160 aa  674    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1160 aa  677    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1166 aa  664    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  36.72 
 
 		 1178 aa  654    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1073 aa  778    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.53 
 
 		 1160 aa  671    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1137 aa  658    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  39.5 
 
 		 1148 aa  637    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  40.17 
 
 		 1162 aa  774    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  38.27 
 
 		 1188 aa  701    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  41.25 
 
 		 1165 aa  821    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1179 aa  729    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  39.35 
 
 		 1168 aa  748    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  41.87 
 
 		 1222 aa  691    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  39.59 
 
 		 1148 aa  638    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  43.29 
 
 		 1189 aa  766    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1198 aa  649    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1160 aa  673    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  51.17 
 
 		 1192 aa  659    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  41.2 
 
 		 1177 aa  755    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  41.17 
 
 		 1198 aa  695    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  42.4 
 
 		 1224 aa  692    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1155 aa  667    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  41.32 
 
 		 1211 aa  714    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  35.11 
 
 		 1163 aa  639    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  40.41 
 
 		 1212 aa  713    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1173 aa  676    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1168 aa  758    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>