More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1064 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  38.71 
 
 		 1148 aa  664    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  39.13 
 
 		 1164 aa  666    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  89.9 
 
 		 1148 aa  2102    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  43.88 
 
 		 1157 aa  766    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 		 1149 aa  681    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.83 
 
 		 1155 aa  650    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1169 aa  729    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  39.37 
 
 		 1147 aa  680    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  37.76 
 
 		 1157 aa  644    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  41.35 
 
 		 1176 aa  800    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1207 aa  679    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1165 aa  649    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  37.86 
 
 		 1164 aa  651    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  39.11 
 
 		 1150 aa  662    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  41.44 
 
 		 1176 aa  801    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  40.7 
 
 		 1178 aa  800    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  41.44 
 
 		 1176 aa  800    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  38.44 
 
 		 1160 aa  656    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  39.45 
 
 		 1153 aa  682    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  39.66 
 
 		 1153 aa  684    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  39.09 
 
 		 1150 aa  660    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  41.25 
 
 		 1169 aa  826    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  38.23 
 
 		 1147 aa  664    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  43 
 
 		 1210 aa  728    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1167 aa  653    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  37.86 
 
 		 1166 aa  684    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  38.41 
 
 		 1146 aa  649    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10301  transcriptional-repair coupling factor  33.3 
 
 		 1170 aa  639    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  39.49 
 
 		 1188 aa  683    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1148 aa  672    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1158 aa  660    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  39.46 
 
 		 1149 aa  686    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1174 aa  636    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  41.6 
 
 		 1161 aa  744    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0929  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1180 aa  636    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.574552  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  37.85 
 
 		 1162 aa  644    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  38.07 
 
 		 1192 aa  669    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10301  transcriptional-repair coupling factor  33.54 
 
 		 1169 aa  639    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1192 aa  663    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.23 
 
 		 1158 aa  769    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  39.91 
 
 		 1173 aa  703    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1159 aa  646    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  41.44 
 
 		 1176 aa  801    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  38.44 
 
 		 1234 aa  687    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1153 aa  699    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1156 aa  655    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 		 1212 aa  699    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 		 1183 aa  831    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  91.99 
 
 		 1148 aa  2177    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1241 aa  669    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  40.47 
 
 		 1208 aa  714    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  40.64 
 
 		 1178 aa  820    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  39.74 
 
 		 1198 aa  673    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 		 1149 aa  681    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  38.65 
 
 		 1153 aa  668    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  39.66 
 
 		 1168 aa  720    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  38.91 
 
 		 1134 aa  681    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  38.83 
 
 		 1155 aa  704    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  42.3 
 
 		 1265 aa  885    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  39.09 
 
 		 1179 aa  651    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1193 aa  648    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1150 aa  657    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1167 aa  654    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1216 aa  701    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1955  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1150 aa  641    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.77 
 
 		 1182 aa  709    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  38.85 
 
 		 1162 aa  649    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1179 aa  732    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1593  transcription-repair coupling factor  40.22 
 
 		 1145 aa  680    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.383279 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1211 aa  703    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  37.69 
 
 		 1160 aa  674    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  42.78 
 
 		 1159 aa  799    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1162 aa  758    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.39 
 
 		 1162 aa  756    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 		 1143 aa  694    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  35.2 
 
 		 1180 aa  655    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1160 aa  649    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1160 aa  651    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  36.41 
 
 		 1166 aa  645    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1178 aa  652    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  39.33 
 
 		 1073 aa  730    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1211 aa  703    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  39.66 
 
 		 1168 aa  720    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  38.97 
 
 		 1148 aa  659    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1162 aa  720    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  37.31 
 
 		 1188 aa  690    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1165 aa  723    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  35.89 
 
 		 1179 aa  706    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.75 
 
 		 1168 aa  664    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  40.87 
 
 		 1222 aa  667    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  36.41 
 
 		 1121 aa  655    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  39.98 
 
 		 1189 aa  734    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  37.7 
 
 		 1198 aa  684    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  37.8 
 
 		 1160 aa  647    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  40.96 
 
 		 1192 aa  696    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  42.13 
 
 		 1177 aa  804    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  39.1 
 
 		 1147 aa  662    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1163 aa  653    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  38.34 
 
 		 1224 aa  677    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 		 1155 aa  660    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>