More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0657 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.48 
 
 		 1157 aa  681    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  50.46 
 
 		 1218 aa  1137    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.9 
 
 		 1148 aa  669    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  38.19 
 
 		 1157 aa  670    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2006  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 		 1155 aa  637    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000316908 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1160 aa  646    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.41 
 
 		 1155 aa  663    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 		 1169 aa  707    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  35.2 
 
 		 1147 aa  644    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  37.36 
 
 		 1157 aa  666    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1176 aa  714    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 		 1179 aa  685    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1164 aa  648    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1189 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  49.16 
 
 		 1211 aa  1112    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1176 aa  713    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1178 aa  714    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.58 
 
 		 1176 aa  711    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1157 aa  639    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1153 aa  646    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  37.44 
 
 		 1153 aa  644    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1178 aa  714    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  50.82 
 
 		 1210 aa  1152    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  37.09 
 
 		 1153 aa  659    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1196 aa  694    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1146 aa  638    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  38.71 
 
 		 1166 aa  650    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1188 aa  669    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  36.91 
 
 		 1189 aa  638    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  37.01 
 
 		 1147 aa  639    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  50.79 
 
 		 1188 aa  1081    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  37.12 
 
 		 1171 aa  645    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1161 aa  678    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  36.41 
 
 		 1156 aa  640    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  39.22 
 
 		 1246 aa  742    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  35.96 
 
 		 1174 aa  647    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  36.6 
 
 		 1156 aa  646    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1158 aa  699    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  35.6 
 
 		 1159 aa  637    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1176 aa  713    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 		 1168 aa  657    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.47 
 
 		 1157 aa  677    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1184 aa  639    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  35.5 
 
 		 1155 aa  644    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  39.29 
 
 		 1183 aa  773    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1217 aa  637    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 		 1241 aa  639    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  49.96 
 
 		 1208 aa  1092    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1904  transcription-repair coupling factor  37.69 
 
 		 1143 aa  664    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.288854 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39.23 
 
 		 1165 aa  757    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  49.56 
 
 		 1198 aa  1059    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.17 
 
 		 1153 aa  665    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1179 aa  673    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 		 1134 aa  684    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1201 aa  657    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1160 aa  649    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04745  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1154 aa  639    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.982613  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1859  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1156 aa  645    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0201793  hitchhiker  0.000194707 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  35.73 
 
 		 1150 aa  650    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  38.41 
 
 		 1176 aa  710    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.24 
 
 		 1148 aa  678    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.41 
 
 		 1176 aa  710    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1182 aa  707    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1168 aa  695    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 		 1156 aa  642    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  49.16 
 
 		 1211 aa  1112    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  39.1 
 
 		 1054 aa  647    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.01 
 
 		 1160 aa  653    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  50.68 
 
 		 1265 aa  660    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  36.91 
 
 		 1189 aa  638    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  40.26 
 
 		 1162 aa  734    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  40.36 
 
 		 1162 aa  736    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1229 aa  644    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  34.87 
 
 		 1174 aa  647    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1137 aa  664    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  53.06 
 
 		 1193 aa  1212    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  35.58 
 
 		 1164 aa  642    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1178 aa  648    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 		 1156 aa  641    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  36.36 
 
 		 1164 aa  644    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 		 1185 aa  641    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  37 
 
 		 1189 aa  639    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  38.14 
 
 		 1162 aa  670    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1168 aa  695    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  39.1 
 
 		 1165 aa  717    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1176 aa  709    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1168 aa  653    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  51.05 
 
 		 1222 aa  1149    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 		 1156 aa  642    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  50.3 
 
 		 1216 aa  1129    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.14 
 
 		 1169 aa  783    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  49.06 
 
 		 1234 aa  1093    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  50.17 
 
 		 1192 aa  1066    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1177 aa  712    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  50.42 
 
 		 1224 aa  1144    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1189 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  49.16 
 
 		 1211 aa  1112    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  47.59 
 
 		 1207 aa  657    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  49.23 
 
 		 1212 aa  1095    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  36.45 
 
 		 1173 aa  646    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>