More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0424 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  41.73 
 
 		 1159 aa  769    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  40.21 
 
 		 1148 aa  744    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.53 
 
 		 1148 aa  731    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.58 
 
 		 1157 aa  709    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  55.18 
 
 		 1198 aa  1222    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1122 aa  640    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1155 aa  667    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  35.7 
 
 		 1169 aa  696    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  37.14 
 
 		 1179 aa  758    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  37.8 
 
 		 1157 aa  645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1176 aa  752    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  41.31 
 
 		 1207 aa  767    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  35.52 
 
 		 1165 aa  661    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  38.07 
 
 		 1137 aa  647    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  38.46 
 
 		 1164 aa  666    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1164 aa  653    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1176 aa  752    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.17 
 
 		 1178 aa  755    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1176 aa  755    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 		 1153 aa  655    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.21 
 
 		 1153 aa  657    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  35.81 
 
 		 1163 aa  636    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  55.55 
 
 		 1211 aa  1259    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  34.14 
 
 		 1169 aa  653    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  0.0000230767 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1210 aa  2420    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  35.34 
 
 		 1168 aa  679    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 		 1196 aa  766    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  34.36 
 
 		 1123 aa  636    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  38.36 
 
 		 1176 aa  751    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  38.19 
 
 		 1188 aa  687    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  37.43 
 
 		 1176 aa  652    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  54.88 
 
 		 1234 aa  1244    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  41.48 
 
 		 1169 aa  825    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  40.69 
 
 		 1161 aa  715    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  39.27 
 
 		 1176 aa  770    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1157 aa  652    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1904  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1143 aa  642    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.288854 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1192 aa  639    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  42.03 
 
 		 1158 aa  766    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  36.6 
 
 		 1159 aa  642    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1176 aa  752    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  64.79 
 
 		 1193 aa  1519    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1153 aa  706    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1160 aa  659    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  42.08 
 
 		 1183 aa  796    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  37.62 
 
 		 1162 aa  641    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  65.7 
 
 		 1216 aa  1519    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  65.84 
 
 		 1208 aa  1487    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1171 aa  637    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  38.47 
 
 		 1229 aa  652    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  39.07 
 
 		 1164 aa  662    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 		 1175 aa  636    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.66 
 
 		 1153 aa  654    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  41.57 
 
 		 1176 aa  762    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.68 
 
 		 1134 aa  665    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  39.59 
 
 		 1154 aa  668    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.83 
 
 		 1157 aa  660    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1179 aa  658    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1165 aa  702    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1165 aa  792    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  51.35 
 
 		 1194 aa  1156    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39.59 
 
 		 1182 aa  733    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 		 1157 aa  670    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1174 aa  707    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  55.24 
 
 		 1211 aa  1258    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  35.77 
 
 		 1179 aa  677    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.85 
 
 		 1160 aa  663    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  38.75 
 
 		 1203 aa  635    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  38.38 
 
 		 1162 aa  803    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1162 aa  807    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1143 aa  671    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  43.43 
 
 		 1265 aa  823    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 		 1160 aa  655    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 		 1160 aa  657    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  36.36 
 
 		 1178 aa  662    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  45.67 
 
 		 1073 aa  655    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  35.34 
 
 		 1168 aa  679    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  65.52 
 
 		 1188 aa  1464    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  38.99 
 
 		 1161 aa  653    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1162 aa  703    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 		 1157 aa  660    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  38.32 
 
 		 1165 aa  718    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1179 aa  671    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1168 aa  647    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  60.15 
 
 		 1222 aa  1373    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.83 
 
 		 1157 aa  662    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  40.36 
 
 		 1189 aa  729    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  39.53 
 
 		 1198 aa  684    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1160 aa  656    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  63.04 
 
 		 1192 aa  1409    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.62 
 
 		 1177 aa  733    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  39.03 
 
 		 1178 aa  818    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  43.32 
 
 		 1246 aa  817    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  62.43 
 
 		 1224 aa  1473    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1155 aa  655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  55.24 
 
 		 1211 aa  1258    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  66.11 
 
 		 1218 aa  1522    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  56.12 
 
 		 1212 aa  1261    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1173 aa  651    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1163 aa  639    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>