More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3926 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1165 aa  761    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4163  transcription-repair coupling factor  39.3 
 
 		 1196 aa  638    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.62 
 
 		 1148 aa  726    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  43.08 
 
 		 1157 aa  724    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  38.69 
 
 		 1176 aa  747    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  40.61 
 
 		 1168 aa  663    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1155 aa  701    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1169 aa  701    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  40.57 
 
 		 1148 aa  731    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  56.88 
 
 		 1198 aa  1237    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1176 aa  748    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  64.25 
 
 		 1218 aa  1460    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  36.47 
 
 		 1165 aa  644    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  48.8 
 
 		 1157 aa  644    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  62.1 
 
 		 1193 aa  1394    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4676  transcription-repair coupling factor  39.17 
 
 		 1200 aa  640    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.32 
 
 		 1176 aa  751    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1178 aa  748    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 		 1176 aa  746    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1153 aa  652    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1153 aa  653    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1176 aa  748    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  66.06 
 
 		 1210 aa  1514    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  43.51 
 
 		 1246 aa  815    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1176 aa  746    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  36.75 
 
 		 1193 aa  664    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1174 aa  644    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1188 aa  669    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  39.06 
 
 		 1173 aa  655    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.46 
 
 		 1176 aa  766    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  39.13 
 
 		 1172 aa  654    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  41.17 
 
 		 1161 aa  726    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  56.71 
 
 		 1211 aa  1278    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  37.91 
 
 		 1192 aa  672    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1176 aa  743    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  37.43 
 
 		 1192 aa  648    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.62 
 
 		 1158 aa  762    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 		 1165 aa  659    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  39.38 
 
 		 1171 aa  669    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.32 
 
 		 1176 aa  751    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  42.98 
 
 		 1169 aa  828    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  37.86 
 
 		 1151 aa  644    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  83.13 
 
 		 1188 aa  1921    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4532  transcription-repair coupling factor  39.38 
 
 		 1196 aa  641    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.850755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.84 
 
 		 1183 aa  798    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  45.07 
 
 		 1168 aa  655    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1208 aa  2390    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  38.89 
 
 		 1171 aa  652    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  44.82 
 
 		 1179 aa  672    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 		 1137 aa  650    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 		 1196 aa  775    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  35.51 
 
 		 1158 aa  673    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  47.73 
 
 		 1197 aa  684    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  38.39 
 
 		 1157 aa  687    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  51.26 
 
 		 1194 aa  1107    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  64.03 
 
 		 1216 aa  1469    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  37.83 
 
 		 1179 aa  670    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1172 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 		 1150 aa  644    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1173 aa  645    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39.09 
 
 		 1182 aa  709    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.07 
 
 		 1178 aa  786    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  56.71 
 
 		 1211 aa  1277    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  55.44 
 
 		 1054 aa  640    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 		 1160 aa  645    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1167 aa  637    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1176 aa  748    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1162 aa  762    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  37.24 
 
 		 1162 aa  761    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1157 aa  665    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  38.39 
 
 		 1174 aa  711    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  37.43 
 
 		 1179 aa  687    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  56.51 
 
 		 1234 aa  1254    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  38.95 
 
 		 1171 aa  651    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1178 aa  674    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  47.79 
 
 		 1073 aa  653    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  39.5 
 
 		 1154 aa  659    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  42.61 
 
 		 1265 aa  785    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36.42 
 
 		 1162 aa  678    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  32.32 
 
 		 1169 aa  648    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  0.0000230767 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 		 1165 aa  711    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  36.68 
 
 		 1179 aa  660    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1168 aa  647    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  59.34 
 
 		 1222 aa  1307    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  39.14 
 
 		 1189 aa  717    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  37.77 
 
 		 1198 aa  678    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  45.07 
 
 		 1168 aa  655    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  61.85 
 
 		 1192 aa  1360    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.57 
 
 		 1177 aa  719    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  40.29 
 
 		 1203 aa  646    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1168 aa  694    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  63.07 
 
 		 1224 aa  1430    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  39.41 
 
 		 1155 aa  678    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  56.71 
 
 		 1211 aa  1277    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  43.31 
 
 		 1176 aa  775    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  58.03 
 
 		 1212 aa  1277    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  40.69 
 
 		 1159 aa  761    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  39.21 
 
 		 1207 aa  751    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1166 aa  670    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0109  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 		 1156 aa  660    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.174112 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>