More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0884 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 		 1148 aa  658    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  38.58 
 
 		 1164 aa  657    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1148 aa  718    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  40.56 
 
 		 1157 aa  712    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1179 aa  731    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1148 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1155 aa  683    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1169 aa  718    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  39.12 
 
 		 1148 aa  657    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  38.41 
 
 		 1148 aa  664    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1176 aa  725    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1207 aa  675    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1148 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1148 aa  657    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  38.3 
 
 		 1164 aa  661    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  35.85 
 
 		 1168 aa  714    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.23 
 
 		 1176 aa  727    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1178 aa  724    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.42 
 
 		 1176 aa  723    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1148 aa  648    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.43 
 
 		 1157 aa  652    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1176 aa  725    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  42.11 
 
 		 1265 aa  749    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1148 aa  641    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  65.7 
 
 		 1210 aa  1530    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  35.67 
 
 		 1165 aa  647    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1148 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1148 aa  657    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  42.47 
 
 		 1176 aa  741    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  35.85 
 
 		 1188 aa  667    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  38.14 
 
 		 1155 aa  645    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1216 aa  2421    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  38.48 
 
 		 1168 aa  637    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  39.36 
 
 		 1161 aa  694    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  56.33 
 
 		 1198 aa  1238    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1192 aa  654    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1157 aa  653    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1192 aa  639    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40.12 
 
 		 1158 aa  753    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1164 aa  639    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1148 aa  663    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.23 
 
 		 1176 aa  727    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  55.47 
 
 		 1234 aa  1232    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1153 aa  679    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  37.24 
 
 		 1156 aa  647    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  62.3 
 
 		 1193 aa  1432    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.3 
 
 		 1183 aa  775    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.65 
 
 		 1176 aa  744    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.83 
 
 		 1157 aa  659    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  65.42 
 
 		 1208 aa  1454    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  94.58 
 
 		 1218 aa  2259    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1178 aa  786    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  34.91 
 
 		 1153 aa  637    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1176 aa  665    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  38.22 
 
 		 1165 aa  798    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  35.85 
 
 		 1168 aa  714    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.95 
 
 		 1169 aa  805    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  37.8 
 
 		 1179 aa  655    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  39.29 
 
 		 1207 aa  731    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  37.9 
 
 		 1150 aa  639    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  35.95 
 
 		 1166 aa  674    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1182 aa  711    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.77 
 
 		 1159 aa  728    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  39.21 
 
 		 1165 aa  726    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  56.77 
 
 		 1211 aa  1300    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  65.94 
 
 		 1188 aa  1449    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  41.89 
 
 		 1246 aa  762    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1706  transcription-repair coupling factor  37.08 
 
 		 1148 aa  640    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43136  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  56.85 
 
 		 1211 aa  1304    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1162 aa  767    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1162 aa  766    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1174 aa  673    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1180 aa  653    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1160 aa  660    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1160 aa  659    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1164 aa  657    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 		 1137 aa  665    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  38.56 
 
 		 1154 aa  666    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1196 aa  739    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  39.07 
 
 		 1148 aa  669    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  34.92 
 
 		 1162 aa  677    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  37.46 
 
 		 1164 aa  649    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  37.01 
 
 		 1165 aa  691    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  37.08 
 
 		 1148 aa  640    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1168 aa  646    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  58.87 
 
 		 1222 aa  1349    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  52 
 
 		 1194 aa  1160    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.2 
 
 		 1189 aa  691    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 		 1198 aa  687    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1160 aa  662    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  62.03 
 
 		 1192 aa  1367    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.16 
 
 		 1177 aa  739    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  38.14 
 
 		 1148 aa  657    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  65.24 
 
 		 1224 aa  1498    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1155 aa  657    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  56.77 
 
 		 1211 aa  1300    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1193 aa  644    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  56.46 
 
 		 1212 aa  1278    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1148 aa  657    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1148 aa  713    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>