More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1245 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1148 aa  659    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1164 aa  659    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.17 
 
 		 1148 aa  690    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.31 
 
 		 1157 aa  685    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1193 aa  641    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 		 1155 aa  692    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1169 aa  722    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1148 aa  652    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1157 aa  650    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1176 aa  738    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  55.44 
 
 		 1198 aa  1183    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  41.22 
 
 		 1169 aa  808    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  39.4 
 
 		 1165 aa  730    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1153 aa  647    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  39.43 
 
 		 1176 aa  739    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  39.43 
 
 		 1178 aa  739    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  39.43 
 
 		 1176 aa  736    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  55.09 
 
 		 1234 aa  1203    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  35.86 
 
 		 1153 aa  645    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  35.77 
 
 		 1153 aa  645    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  60.78 
 
 		 1188 aa  1336    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  35.7 
 
 		 1196 aa  715    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  60.15 
 
 		 1210 aa  1400    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  34.16 
 
 		 1167 aa  645    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1157 aa  651    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0539  transcription-repair coupling factor  38.48 
 
 		 1116 aa  649    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0291296  hitchhiker  0.00000000346725 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1174 aa  683    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1188 aa  676    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  36.41 
 
 		 1158 aa  638    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  38.63 
 
 		 1148 aa  691    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  58.87 
 
 		 1216 aa  1367    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1161 aa  676    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  40.16 
 
 		 1265 aa  741    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  40.34 
 
 		 1157 aa  718    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1192 aa  662    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1148 aa  650    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  37.14 
 
 		 1192 aa  651    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.47 
 
 		 1158 aa  731    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1148 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1148 aa  658    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  39.43 
 
 		 1176 aa  739    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1148 aa  658    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1153 aa  674    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1164 aa  660    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  56.97 
 
 		 1211 aa  1254    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.09 
 
 		 1183 aa  756    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1148 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  60.1 
 
 		 1208 aa  1326    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1148 aa  659    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1166 aa  660    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  39.05 
 
 		 1178 aa  766    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1176 aa  738    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.28 
 
 		 1153 aa  657    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1155 aa  647    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 		 1134 aa  653    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  51.68 
 
 		 1194 aa  1189    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  38.8 
 
 		 1207 aa  712    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  58.56 
 
 		 1218 aa  1363    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1176 aa  669    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  39.12 
 
 		 1154 aa  667    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  33.52 
 
 		 1169 aa  638    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  0.0000230767 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1179 aa  687    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1182 aa  712    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 		 1168 aa  699    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1137 aa  669    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  56.97 
 
 		 1211 aa  1254    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1160 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 		 1160 aa  647    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 		 1168 aa  699    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  34.63 
 
 		 1167 aa  646    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1162 aa  766    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1162 aa  766    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1143 aa  669    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1176 aa  734    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1151 aa  650    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1148 aa  660    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1178 aa  653    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  38.5 
 
 		 1179 aa  693    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  62.62 
 
 		 1193 aa  1439    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  47.73 
 
 		 1246 aa  684    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39.09 
 
 		 1165 aa  781    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1162 aa  696    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  36.15 
 
 		 1188 aa  641    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1165 aa  707    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  50.65 
 
 		 1176 aa  672    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  35.41 
 
 		 1168 aa  637    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1222 aa  2466    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  39.89 
 
 		 1176 aa  752    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 		 1189 aa  670    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.57 
 
 		 1198 aa  661    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1148 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  55.82 
 
 		 1192 aa  1254    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.02 
 
 		 1177 aa  718    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1148 aa  652    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.27 
 
 		 1157 aa  652    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  59.59 
 
 		 1224 aa  1343    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.41 
 
 		 1157 aa  653    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  56.97 
 
 		 1211 aa  1254    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1148 aa  660    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  56.33 
 
 		 1212 aa  1221    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>