More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_1948 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1162 aa  645    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1176 aa  706    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1148 aa  693    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  42.12 
 
 		 1157 aa  691    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1148 aa  638    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 		 1155 aa  655    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1169 aa  703    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1147 aa  640    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1148 aa  636    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1176 aa  706    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  36.33 
 
 		 1207 aa  681    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1176 aa  706    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  79.64 
 
 		 1234 aa  1885    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36 
 
 		 1164 aa  643    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.73 
 
 		 1176 aa  701    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1176 aa  708    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1178 aa  706    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1176 aa  703    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37 
 
 		 1160 aa  659    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1176 aa  715    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.66 
 
 		 1153 aa  658    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  38.41 
 
 		 1148 aa  694    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  38.49 
 
 		 1174 aa  680    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  55.33 
 
 		 1193 aa  1193    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  55.18 
 
 		 1210 aa  1227    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  85.23 
 
 		 1211 aa  2053    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1176 aa  710    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  38.99 
 
 		 1176 aa  692    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  57.06 
 
 		 1188 aa  1219    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  35.8 
 
 		 1188 aa  648    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1198 aa  2397    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  52.33 
 
 		 1194 aa  1078    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  40.42 
 
 		 1182 aa  745    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  56.33 
 
 		 1216 aa  1241    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  39.05 
 
 		 1161 aa  643    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1176 aa  706    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1148 aa  636    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  39 
 
 		 1178 aa  771    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1168 aa  687    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1179 aa  693    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  42.11 
 
 		 1158 aa  739    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1164 aa  636    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  35.68 
 
 		 1159 aa  639    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1176 aa  708    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1164 aa  643    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1153 aa  680    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1166 aa  654    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  35.46 
 
 		 1196 aa  714    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  42.02 
 
 		 1183 aa  763    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  41.62 
 
 		 1169 aa  783    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  57.34 
 
 		 1208 aa  1236    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1176 aa  657    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1157 aa  669    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  36.35 
 
 		 1157 aa  652    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  39.73 
 
 		 1165 aa  684    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.33 
 
 		 1153 aa  654    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1134 aa  638    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  37.23 
 
 		 1148 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1160 aa  640    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.27 
 
 		 1179 aa  645    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1168 aa  668    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  37.93 
 
 		 1150 aa  644    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  39.37 
 
 		 1265 aa  747    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 		 1148 aa  637    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  38.35 
 
 		 1182 aa  662    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1173 aa  658    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 		 1246 aa  756    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  34.92 
 
 		 1158 aa  653    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  85.14 
 
 		 1211 aa  2048    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  39.94 
 
 		 1157 aa  706    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  35.26 
 
 		 1160 aa  637    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1157 aa  665    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  93.13 
 
 		 1212 aa  2202    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1162 aa  726    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  37.23 
 
 		 1162 aa  721    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  37.23 
 
 		 1143 aa  672    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1168 aa  687    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1160 aa  641    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1160 aa  641    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  39.22 
 
 		 1166 aa  639    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  36.51 
 
 		 1178 aa  643    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  37.9 
 
 		 1157 aa  664    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  40.57 
 
 		 1159 aa  736    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  48.65 
 
 		 1197 aa  654    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1162 aa  656    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1155 aa  646    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1165 aa  678    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1165 aa  715    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.66 
 
 		 1168 aa  640    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  55.27 
 
 		 1222 aa  1172    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1157 aa  663    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.91 
 
 		 1189 aa  686    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1179 aa  651    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1160 aa  644    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  55.56 
 
 		 1192 aa  1147    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  39.94 
 
 		 1177 aa  692    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1207 aa  723    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  55.65 
 
 		 1224 aa  1198    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1155 aa  649    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  85.14 
 
 		 1211 aa  2048    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>