More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0924 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1148 aa  676    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1164 aa  676    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1148 aa  677    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.8 
 
 		 1157 aa  699    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  37.83 
 
 		 1163 aa  644    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  65.3 
 
 		 1218 aa  1498    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  65.24 
 
 		 1216 aa  1497    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1169 aa  715    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.02 
 
 		 1168 aa  681    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  36.73 
 
 		 1157 aa  642    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1176 aa  740    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 		 1207 aa  692    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  41.13 
 
 		 1265 aa  756    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  42.01 
 
 		 1246 aa  765    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1164 aa  661    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1150 aa  677    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1176 aa  743    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.77 
 
 		 1178 aa  742    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.59 
 
 		 1176 aa  738    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.63 
 
 		 1176 aa  753    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.14 
 
 		 1153 aa  666    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.08 
 
 		 1153 aa  670    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1150 aa  676    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 		 1137 aa  669    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  62.43 
 
 		 1210 aa  1487    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  33.39 
 
 		 1167 aa  647    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  37.01 
 
 		 1157 aa  676    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1146 aa  660    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.24 
 
 		 1166 aa  654    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  36.12 
 
 		 1188 aa  668    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1148 aa  676    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1148 aa  654    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1149 aa  682    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1168 aa  656    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 		 1161 aa  682    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  37.4 
 
 		 1171 aa  637    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.77 
 
 		 1174 aa  707    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  64.76 
 
 		 1188 aa  1442    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1192 aa  636    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40.56 
 
 		 1158 aa  764    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1157 aa  677    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1176 aa  743    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1164 aa  643    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1153 aa  677    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  37.09 
 
 		 1156 aa  652    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.43 
 
 		 1169 aa  811    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  39.85 
 
 		 1183 aa  774    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  34.48 
 
 		 1179 aa  665    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  40.15 
 
 		 1241 aa  659    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  62.9 
 
 		 1208 aa  1410    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1148 aa  647    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1147 aa  663    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 		 1173 aa  659    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1175 aa  637    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.89 
 
 		 1153 aa  658    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1148 aa  686    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  35.53 
 
 		 1134 aa  669    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1201 aa  639    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  54.74 
 
 		 1234 aa  1212    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  35.41 
 
 		 1179 aa  645    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1176 aa  672    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.77 
 
 		 1157 aa  680    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1148 aa  677    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1182 aa  712    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  55.65 
 
 		 1198 aa  1203    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  55 
 
 		 1211 aa  1239    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  39.18 
 
 		 1159 aa  742    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  55 
 
 		 1211 aa  1239    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1178 aa  781    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.48 
 
 		 1160 aa  671    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1207 aa  710    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  36.51 
 
 		 1153 aa  661    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 		 1162 aa  786    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1162 aa  787    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  35.92 
 
 		 1143 aa  676    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  38.07 
 
 		 1148 aa  650    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1160 aa  657    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1160 aa  657    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  34.79 
 
 		 1193 aa  637    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1178 aa  655    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1170 aa  652    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  37.35 
 
 		 1155 aa  685    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  63.41 
 
 		 1193 aa  1443    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  37.53 
 
 		 1148 aa  650    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  38.2 
 
 		 1162 aa  708    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  37.87 
 
 		 1165 aa  682    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  36.63 
 
 		 1179 aa  739    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  37.31 
 
 		 1164 aa  642    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  59.5 
 
 		 1222 aa  1332    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.02 
 
 		 1168 aa  681    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  39.05 
 
 		 1189 aa  688    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.55 
 
 		 1198 aa  683    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  34.05 
 
 		 1167 aa  637    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  61.71 
 
 		 1192 aa  1357    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  39.12 
 
 		 1177 aa  733    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  56.43 
 
 		 1212 aa  1239    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1160 aa  667    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1224 aa  2442    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1155 aa  661    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  55 
 
 		 1211 aa  1239    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>