More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2717 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  47.73 
 
 
1148 aa  1057    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  47.73 
 
 
1164 aa  1060    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1754  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 
1144 aa  704    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.430393  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.43 
 
 
1157 aa  724    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  50.21 
 
 
1149 aa  1105    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  82.58 
 
 
1163 aa  2023    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  71.77 
 
 
1184 aa  1753    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  41.03 
 
 
1159 aa  801    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  45.53 
 
 
1147 aa  981    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  61.98 
 
 
1157 aa  1474    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  47.83 
 
 
1162 aa  1047    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  47.75 
 
 
1207 aa  1112    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  81.24 
 
 
1164 aa  2000    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 
1122 aa  665    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  47.58 
 
 
1164 aa  1042    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  50.48 
 
 
1150 aa  1117    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  62.09 
 
 
1189 aa  1462    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  37.65 
 
 
1265 aa  653    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  48.51 
 
 
1160 aa  1047    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  62.09 
 
 
1157 aa  1462    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  46.94 
 
 
1153 aa  1059    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  47.03 
 
 
1153 aa  1066    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  50.65 
 
 
1150 aa  1117    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1484  transcription-repair coupling factor  44.14 
 
 
1243 aa  1017    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.704172  normal  0.0864414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  59.08 
 
 
1147 aa  1415    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  36.99 
 
 
1171 aa  721    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1360  transcription-repair coupling factor  61.21 
 
 
1150 aa  1432    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  62.09 
 
 
1157 aa  1462    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  56.07 
 
 
1146 aa  1275    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 
1174 aa  724    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  62.01 
 
 
1189 aa  1461    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  49.18 
 
 
1158 aa  1081    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  50.78 
 
 
1149 aa  1135    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  35.74 
 
 
1165 aa  699    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0544  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 
1132 aa  663    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  61.37 
 
 
1156 aa  1459    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  62.09 
 
 
1189 aa  1462    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40 
 
 
1158 aa  760    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  34.72 
 
 
1163 aa  664    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  43.56 
 
 
1159 aa  1006    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0929  transcription-repair coupling factor  55.91 
 
 
1180 aa  1366    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.574552  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  46.76 
 
 
1147 aa  983    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  56.55 
 
 
1156 aa  1315    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  38.07 
 
 
1177 aa  718    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  47.22 
 
 
1148 aa  1050    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  62.09 
 
 
1217 aa  1466    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1500  transcription-repair coupling factor  35.73 
 
 
1163 aa  700    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0625318 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  46.96 
 
 
1155 aa  1050    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 
1171 aa  730    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  37.9 
 
 
1164 aa  728    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  47.75 
 
 
1162 aa  1029    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 
1153 aa  653    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  81.56 
 
 
1175 aa  1992    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  46.12 
 
 
1153 aa  1060    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 
1172 aa  723    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  56.15 
 
 
1134 aa  1324    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  100 
 
 
1201 aa  2446    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  61.45 
 
 
1160 aa  1483    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  47.03 
 
 
1179 aa  1005    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 
1172 aa  742    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  47.07 
 
 
1150 aa  1014    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 
1173 aa  729    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1664  transcription-repair coupling factor  44.41 
 
 
1243 aa  1027    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0200808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1955  transcription-repair coupling factor  61.56 
 
 
1150 aa  1454    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130326  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  62.01 
 
 
1189 aa  1461    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  36.35 
 
 
1149 aa  705    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  38.46 
 
 
1194 aa  704    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  61.38 
 
 
1156 aa  1457    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 
1211 aa  638    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  49.75 
 
 
1160 aa  1144    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  37.94 
 
 
1167 aa  670    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  35.7 
 
 
1162 aa  670    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  35.5 
 
 
1162 aa  674    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  47.07 
 
 
1143 aa  1041    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  48.08 
 
 
1160 aa  1044    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  48 
 
 
1160 aa  1043    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  49.18 
 
 
1166 aa  1049    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  45.39 
 
 
1178 aa  1010    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  76.63 
 
 
1174 aa  1867    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 
1172 aa  709    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  61.84 
 
 
1185 aa  1463    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  51.63 
 
 
1148 aa  1135    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  62.09 
 
 
1189 aa  1463    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 
1211 aa  638    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  35.8 
 
 
1165 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  34.46 
 
 
1178 aa  660    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  88.68 
 
 
1161 aa  2153    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  61.38 
 
 
1156 aa  1457    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 
1189 aa  701    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  39.67 
 
 
1198 aa  838    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  48.17 
 
 
1160 aa  1046    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36 
 
 
1168 aa  664    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 
1154 aa  676    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1636  transcription-repair coupling factor  43.45 
 
 
1271 aa  998    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000538763  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  47.52 
 
 
1155 aa  1018    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 
1211 aa  638    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  44.52 
 
 
1163 aa  1022    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  50.21 
 
 
1149 aa  1106    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  47.6 
 
 
1173 aa  1051    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1593  transcription-repair coupling factor  51.59 
 
 
1145 aa  1124    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.383279 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>