More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0803 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  41.9 
 
 		 1159 aa  769    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  38.88 
 
 		 1155 aa  701    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  40.38 
 
 		 1148 aa  729    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  42.21 
 
 		 1157 aa  721    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.91 
 
 		 1157 aa  685    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  37.73 
 
 		 1193 aa  671    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1155 aa  699    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1169 aa  731    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 		 1157 aa  698    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 		 1179 aa  670    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  39.02 
 
 		 1176 aa  763    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 		 1178 aa  813    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1165 aa  642    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1168 aa  716    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  38.94 
 
 		 1164 aa  683    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  38.22 
 
 		 1164 aa  648    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  39.03 
 
 		 1176 aa  764    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  39.02 
 
 		 1178 aa  762    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1176 aa  759    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  37.75 
 
 		 1157 aa  674    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1153 aa  669    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 		 1153 aa  666    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  34.36 
 
 		 1167 aa  646    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  64.98 
 
 		 1216 aa  1471    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1147 aa  643    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  65.6 
 
 		 1210 aa  1496    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  57.42 
 
 		 1211 aa  1285    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1174 aa  710    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1188 aa  2343    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  37.75 
 
 		 1188 aa  698    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1166 aa  683    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 		 1158 aa  652    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  41.36 
 
 		 1147 aa  672    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  40.85 
 
 		 1168 aa  660    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  41.87 
 
 		 1161 aa  727    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  37.72 
 
 		 1171 aa  644    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  38.94 
 
 		 1192 aa  681    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  39.62 
 
 		 1171 aa  646    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  38.85 
 
 		 1192 aa  665    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  43.07 
 
 		 1158 aa  760    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  38.59 
 
 		 1161 aa  648    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  39.03 
 
 		 1176 aa  764    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  39.49 
 
 		 1174 aa  649    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  57.61 
 
 		 1234 aa  1274    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1156 aa  654    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  40.26 
 
 		 1177 aa  637    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  42.71 
 
 		 1183 aa  818    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  39.04 
 
 		 1162 aa  674    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  38.85 
 
 		 1162 aa  673    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  83.46 
 
 		 1208 aa  1917    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1171 aa  636    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  44.03 
 
 		 1169 aa  851    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  38.58 
 
 		 1175 aa  647    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.74 
 
 		 1153 aa  659    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1170 aa  639    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 		 1134 aa  681    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1201 aa  651    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1160 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  38.38 
 
 		 1179 aa  692    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  39.47 
 
 		 1176 aa  782    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  38.97 
 
 		 1150 aa  651    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1168 aa  716    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  40.42 
 
 		 1182 aa  729    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  42.07 
 
 		 1246 aa  801    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  40.31 
 
 		 1149 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  57.42 
 
 		 1211 aa  1285    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1137 aa  665    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1160 aa  669    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  39.07 
 
 		 1148 aa  664    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1162 aa  781    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  37.96 
 
 		 1162 aa  777    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  40.99 
 
 		 1148 aa  744    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  34.42 
 
 		 1180 aa  644    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1160 aa  679    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1160 aa  683    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  40.57 
 
 		 1166 aa  661    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  39.37 
 
 		 1162 aa  686    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  44.82 
 
 		 1073 aa  649    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  57.3 
 
 		 1198 aa  1237    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  62.07 
 
 		 1193 aa  1381    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  38.91 
 
 		 1148 aa  665    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1162 aa  704    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  35.07 
 
 		 1188 aa  649    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  39.43 
 
 		 1165 aa  707    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  36.73 
 
 		 1179 aa  660    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  35.71 
 
 		 1168 aa  659    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  60.58 
 
 		 1222 aa  1327    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 		 1265 aa  781    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  40.34 
 
 		 1189 aa  733    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1198 aa  696    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  38.91 
 
 		 1160 aa  683    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  63.78 
 
 		 1192 aa  1360    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.68 
 
 		 1177 aa  736    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1160 aa  682    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  65.17 
 
 		 1224 aa  1476    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  39.49 
 
 		 1155 aa  688    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  57.42 
 
 		 1211 aa  1285    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  34.15 
 
 		 1163 aa  651    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  58.61 
 
 		 1212 aa  1284    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  37.44 
 
 		 1173 aa  660    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>