More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0064 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1165 aa  664    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  39.31 
 
 		 1154 aa  674    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  40.4 
 
 		 1148 aa  747    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.78 
 
 		 1157 aa  711    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  38.74 
 
 		 1161 aa  638    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 		 1153 aa  650    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 		 1155 aa  679    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 		 1169 aa  701    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1160 aa  657    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  38.26 
 
 		 1157 aa  640    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1176 aa  757    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  53.15 
 
 		 1211 aa  1219    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1165 aa  651    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  42.17 
 
 		 1265 aa  765    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1164 aa  652    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1176 aa  761    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1178 aa  761    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1176 aa  760    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39.14 
 
 		 1165 aa  766    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1153 aa  644    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  35.8 
 
 		 1153 aa  648    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1176 aa  756    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  40.98 
 
 		 1176 aa  749    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  81.59 
 
 		 1210 aa  1949    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  37.83 
 
 		 1162 aa  636    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  39.41 
 
 		 1165 aa  728    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1168 aa  678    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  38.49 
 
 		 1168 aa  636    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1188 aa  667    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1158 aa  637    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 		 1178 aa  781    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  62.58 
 
 		 1218 aa  1453    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  39.32 
 
 		 1161 aa  707    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1157 aa  655    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  53.09 
 
 		 1198 aa  1188    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1192 aa  652    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  42.46 
 
 		 1246 aa  790    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1160 aa  637    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.57 
 
 		 1158 aa  759    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  35.81 
 
 		 1168 aa  678    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  35.05 
 
 		 1159 aa  639    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1176 aa  761    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  40.95 
 
 		 1159 aa  751    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 		 1153 aa  688    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.44 
 
 		 1176 aa  772    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  54.15 
 
 		 1234 aa  1215    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  40.68 
 
 		 1183 aa  767    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  35.81 
 
 		 1168 aa  678    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  64.5 
 
 		 1208 aa  1433    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1157 aa  644    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  35.4 
 
 		 1166 aa  644    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 		 1196 aa  743    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.89 
 
 		 1153 aa  652    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  35.64 
 
 		 1179 aa  676    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  37.03 
 
 		 1134 aa  677    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  37.02 
 
 		 1157 aa  665    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1176 aa  758    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 		 1179 aa  639    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  38.95 
 
 		 1164 aa  645    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1179 aa  745    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 		 1137 aa  661    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1176 aa  762    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.7 
 
 		 1182 aa  695    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  40.36 
 
 		 1148 aa  752    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  35.81 
 
 		 1176 aa  644    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  53.15 
 
 		 1211 aa  1217    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  62.43 
 
 		 1216 aa  1449    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1160 aa  660    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1157 aa  654    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1176 aa  757    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1162 aa  777    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1162 aa  775    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1143 aa  683    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  41.67 
 
 		 1169 aa  801    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  37.65 
 
 		 1160 aa  644    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  37.65 
 
 		 1160 aa  645    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1178 aa  642    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  37.31 
 
 		 1172 aa  636    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  63.8 
 
 		 1193 aa  1487    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  40.02 
 
 		 1197 aa  766    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  66.26 
 
 		 1188 aa  1450    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 		 1162 aa  698    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  38.65 
 
 		 1155 aa  673    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1165 aa  720    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1179 aa  646    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.22 
 
 		 1168 aa  657    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  59.75 
 
 		 1222 aa  1369    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1174 aa  672    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  39.62 
 
 		 1189 aa  708    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1198 aa  667    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 		 1160 aa  644    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  60.05 
 
 		 1192 aa  1343    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  39.59 
 
 		 1177 aa  723    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1157 aa  649    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  50.54 
 
 		 1194 aa  1155    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  60.88 
 
 		 1224 aa  1439    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  38.46 
 
 		 1176 aa  759    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  53.15 
 
 		 1211 aa  1217    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  40.11 
 
 		 1157 aa  712    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  53.8 
 
 		 1212 aa  1220    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>