More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1691 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  40.61 
 
 		 1157 aa  677    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1176 aa  659    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  34.6 
 
 		 1155 aa  639    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  34.45 
 
 		 1169 aa  637    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 		 1176 aa  655    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  36.33 
 
 		 1170 aa  655    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1179 aa  636    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1176 aa  654    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1178 aa  654    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  36.3 
 
 		 1176 aa  654    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0988  transcription-repair coupling factor  53.32 
 
 		 1146 aa  1201    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.162068  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1691  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1153 aa  2334    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427142  normal  0.0220248 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1165 aa  726    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  36.72 
 
 		 1176 aa  652    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1260  transcription-repair coupling factor  51.75 
 
 		 1159 aa  1120    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.843901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  36.48 
 
 		 1176 aa  654    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1141 aa  635    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1161 aa  671    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  37.8 
 
 		 1169 aa  663    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  34.7 
 
 		 1178 aa  645    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.42 
 
 		 1157 aa  637    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  37.64 
 
 		 1158 aa  703    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  52.37 
 
 		 1152 aa  1167    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1176 aa  654    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 		 1176 aa  655    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  38.69 
 
 		 1183 aa  678    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  48.77 
 
 		 1159 aa  664    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1176 aa  649    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1176 aa  654    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  36.5 
 
 		 1177 aa  640    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  39.58 
 
 		 1150 aa  651    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1169 aa  637    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1182 aa  636    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  33.64 
 
 		 1165 aa  652    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1173 aa  643    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  48.21 
 
 		 1157 aa  651    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  49.77 
 
 		 1157 aa  650    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  35.28 
 
 		 1162 aa  653    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  35.21 
 
 		 1162 aa  653    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  38.18 
 
 		 1183 aa  655    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  35.28 
 
 		 1174 aa  664    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1177 aa  653    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  38.74 
 
 		 1165 aa  657    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0910  transcription-repair coupling factor  48.96 
 
 		 1179 aa  1040    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.33 
 
 		 1157 aa  637    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1189 aa  700    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  36.09 
 
 		 1198 aa  646    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1177 aa  720    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0285  transcription-repair coupling factor  52.54 
 
 		 1197 aa  1113    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.493084 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1197 aa  634  1e-180  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  39.7 
 
 		 1123 aa  634  1e-180  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  37.9 
 
 		 1197 aa  635  1e-180  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1148 aa  630  1e-179  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  33.42 
 
 		 1153 aa  629  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  36.68 
 
 		 1155 aa  630  1e-179  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  33.72 
 
 		 1160 aa  630  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1162 aa  630  1e-179  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.33 
 
 		 1179 aa  631  1e-179  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  39.5 
 
 		 1246 aa  629  1e-178  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.67 
 
 		 1148 aa  625  1e-177  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  34.35 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  34.43 
 
 		 1164 aa  622  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  34.43 
 
 		 1148 aa  621  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  34.38 
 
 		 1153 aa  620  1e-176  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  33.6 
 
 		 1153 aa  622  1e-176  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  34.35 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  34.43 
 
 		 1148 aa  619  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  34.52 
 
 		 1164 aa  622  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  34.81 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  34.35 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 		 1168 aa  621  1e-176  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  34.81 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  34.52 
 
 		 1148 aa  621  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  34.81 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  34.81 
 
 		 1148 aa  620  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  34.52 
 
 		 1148 aa  621  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  35.43 
 
 		 1150 aa  618  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  35.79 
 
 		 1196 aa  617  1e-175  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  34.86 
 
 		 1148 aa  619  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  36.04 
 
 		 1158 aa  618  1e-175  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  35.21 
 
 		 1157 aa  619  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  36.48 
 
 		 1166 aa  616  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  36.04 
 
 		 1158 aa  619  1e-175  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  35.87 
 
 		 1179 aa  616  1e-175  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 		 1176 aa  617  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1147 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  36.14 
 
 		 1188 aa  615  9.999999999999999e-175  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  44.65 
 
 		 1182 aa  614  9.999999999999999e-175  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  34.97 
 
 		 1151 aa  615  9.999999999999999e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1176 aa  612  9.999999999999999e-175  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  35.02 
 
 		 1165 aa  613  9.999999999999999e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  35.48 
 
 		 1150 aa  612  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  35.05 
 
 		 1168 aa  611  1e-173  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  35.05 
 
 		 1168 aa  611  1e-173  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  35.72 
 
 		 1171 aa  611  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  35.04 
 
 		 1163 aa  610  1e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  34.97 
 
 		 1148 aa  609  1e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  34.33 
 
 		 1166 aa  607  9.999999999999999e-173  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  35.18 
 
 		 1126 aa  606  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  35.08 
 
 		 1153 aa  608  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>