More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0910 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1148 aa  644    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 		 1164 aa  644    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.86 
 
 		 1148 aa  650    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.73 
 
 		 1157 aa  704    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1148 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  48.66 
 
 		 1157 aa  640    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0988  transcription-repair coupling factor  50.18 
 
 		 1146 aa  1047    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.162068  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  35.48 
 
 		 1179 aa  663    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1183 aa  662    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  36.14 
 
 		 1150 aa  650    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  36.64 
 
 		 1148 aa  644    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1207 aa  645    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1260  transcription-repair coupling factor  61.12 
 
 		 1159 aa  1381    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.843901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  37.92 
 
 		 1164 aa  644    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1148 aa  643    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  40.06 
 
 		 1169 aa  654    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1157 aa  645    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1176 aa  646    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  42.02 
 
 		 1165 aa  732    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  36.5 
 
 		 1150 aa  658    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1148 aa  660    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1168 aa  647    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  33.36 
 
 		 1196 aa  639    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1197 aa  646    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1160 aa  647    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  36.07 
 
 		 1141 aa  642    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0910  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1179 aa  2383    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1179 aa  650    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  35.13 
 
 		 1170 aa  660    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  36.08 
 
 		 1178 aa  641    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  36.73 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1952  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1162 aa  644    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00516748  normal  0.328047 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40.07 
 
 		 1158 aa  712    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  59.75 
 
 		 1152 aa  1322    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  35 
 
 		 1159 aa  641    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1617  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1147 aa  639    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.89425  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37 
 
 		 1155 aa  645    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1162 aa  643    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36.68 
 
 		 1148 aa  645    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  39.03 
 
 		 1183 aa  695    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0285  transcription-repair coupling factor  64.34 
 
 		 1197 aa  1391    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.493084 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1148 aa  644    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003994  transcription-repair coupling factor  37.64 
 
 		 1153 aa  646    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1150 aa  662    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  35.76 
 
 		 1165 aa  644    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1158 aa  639    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1162 aa  647    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.83 
 
 		 1153 aa  654    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1691  transcription-repair coupling factor  48.96 
 
 		 1153 aa  1053    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427142  normal  0.0220248 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1134 aa  647    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1177 aa  650    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  35.97 
 
 		 1179 aa  645    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1162 aa  643    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 		 1153 aa  637    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1148 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1148 aa  644    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1158 aa  640    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 		 1169 aa  679    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1155 aa  675    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1160 aa  650    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1148 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1151 aa  643    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1148 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1164 aa  644    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  37.77 
 
 		 1160 aa  647    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  37.86 
 
 		 1160 aa  650    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1165 aa  664    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.52 
 
 		 1178 aa  672    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  39.82 
 
 		 1154 aa  653    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 		 1177 aa  655    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1148 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36.77 
 
 		 1162 aa  652    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1157 aa  652    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1165 aa  686    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1179 aa  637    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  38.22 
 
 		 1165 aa  647    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 		 1157 aa  660    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  36.83 
 
 		 1150 aa  639    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.19 
 
 		 1189 aa  686    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  37.9 
 
 		 1198 aa  650    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1160 aa  645    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  48.79 
 
 		 1159 aa  648    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  47.63 
 
 		 1177 aa  659    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  48.85 
 
 		 1157 aa  640    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  39.68 
 
 		 1164 aa  633  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1157 aa  634  1e-180  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  35.8 
 
 		 1153 aa  634  1e-180  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  49.6 
 
 		 1161 aa  634  1e-180  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1706  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1148 aa  634  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43136  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  36.39 
 
 		 1148 aa  632  1e-180  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1148 aa  634  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1166 aa  633  1e-180  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  37.08 
 
 		 1143 aa  633  1e-180  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1172 aa  634  1e-180  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0539  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1116 aa  630  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0291296  hitchhiker  0.00000000346725 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1153 aa  629  1e-179  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1978  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1159 aa  632  1e-179  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1172 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0369  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1149 aa  630  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>