More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0285 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  47.45 
 
 		 1183 aa  641    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  40.02 
 
 		 1148 aa  656    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.4 
 
 		 1157 aa  675    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0910  transcription-repair coupling factor  64.34 
 
 		 1179 aa  1408    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  33.36 
 
 		 1179 aa  639    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  35.94 
 
 		 1197 aa  661    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 		 1176 aa  652    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  34.68 
 
 		 1165 aa  638    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1176 aa  659    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  38.57 
 
 		 1169 aa  671    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1176 aa  657    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1178 aa  657    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1176 aa  657    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1176 aa  652    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1176 aa  658    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  49.92 
 
 		 1161 aa  653    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0988  transcription-repair coupling factor  52.46 
 
 		 1146 aa  1147    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.162068  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  37.34 
 
 		 1171 aa  640    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40.07 
 
 		 1158 aa  714    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  64.42 
 
 		 1152 aa  1506    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1176 aa  657    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  37.7 
 
 		 1177 aa  656    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.15 
 
 		 1183 aa  698    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.42 
 
 		 1157 aa  642    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1176 aa  636    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1155 aa  656    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  40.41 
 
 		 1159 aa  712    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0285  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1197 aa  2392    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.493084 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  39.32 
 
 		 1197 aa  636    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1177 aa  638    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  35.15 
 
 		 1179 aa  646    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1176 aa  644    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  50.54 
 
 		 1157 aa  655    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1182 aa  644    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  50.54 
 
 		 1157 aa  654    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1176 aa  659    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1260  transcription-repair coupling factor  72.16 
 
 		 1159 aa  1637    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.843901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  38.99 
 
 		 1150 aa  658    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1170 aa  662    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  37.73 
 
 		 1143 aa  648    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.43 
 
 		 1160 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  38.05 
 
 		 1178 aa  661    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  37.09 
 
 		 1176 aa  660    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1165 aa  684    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  40.62 
 
 		 1165 aa  716    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  34.36 
 
 		 1162 aa  641    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  35.76 
 
 		 1179 aa  657    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.16 
 
 		 1165 aa  651    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1691  transcription-repair coupling factor  52.54 
 
 		 1153 aa  1137    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427142  normal  0.0220248 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1189 aa  693    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1198 aa  665    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1160 aa  636    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  37.53 
 
 		 1174 aa  698    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  49.55 
 
 		 1177 aa  658    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1157 aa  637    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  39.54 
 
 		 1154 aa  649    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1153 aa  633  1e-180  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  35.59 
 
 		 1153 aa  634  1e-180  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 		 1150 aa  634  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  34.38 
 
 		 1159 aa  633  1e-180  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 		 1165 aa  635  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  37.44 
 
 		 1157 aa  634  1e-180  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1150 aa  634  1e-180  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1157 aa  635  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1952  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1162 aa  634  1e-180  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00516748  normal  0.328047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  37.24 
 
 		 1160 aa  634  1e-180  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1160 aa  635  1e-180  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003994  transcription-repair coupling factor  38.07 
 
 		 1153 aa  633  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  39.3 
 
 		 1176 aa  634  1e-180  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  35.19 
 
 		 1169 aa  630  1e-179  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  34.04 
 
 		 1196 aa  631  1e-179  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 		 1164 aa  632  1e-179  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  37.03 
 
 		 1162 aa  631  1e-179  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1148 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1617  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1147 aa  630  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.89425  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1148 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  37 
 
 		 1162 aa  630  1e-179  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  36.76 
 
 		 1162 aa  630  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1148 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1172 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1148 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  38.49 
 
 		 1169 aa  632  1e-179  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1148 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  38.38 
 
 		 1164 aa  626  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  35.82 
 
 		 1170 aa  626  1e-178  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  37.39 
 
 		 1120 aa  628  1e-178  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1153 aa  628  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1158 aa  628  1e-178  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1157 aa  628  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  38.19 
 
 		 1171 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  37.01 
 
 		 1172 aa  628  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1158 aa  629  1e-178  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  35.84 
 
 		 1150 aa  627  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1148 aa  629  1e-178  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1157 aa  627  1e-178  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1155 aa  629  1e-178  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  38.38 
 
 		 1148 aa  624  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1188 aa  623  1e-177  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  38.34 
 
 		 1148 aa  624  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1173 aa  624  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>