More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2039 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.7 
 
 		 1148 aa  648    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1164 aa  646    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.57 
 
 		 1148 aa  640    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  49.18 
 
 		 1157 aa  650    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1148 aa  655    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1148 aa  657    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1174 aa  706    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  37.96 
 
 		 1150 aa  667    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1176 aa  658    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  35.26 
 
 		 1207 aa  650    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  37.7 
 
 		 1148 aa  647    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1148 aa  657    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1176 aa  658    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1178 aa  657    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1176 aa  657    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1148 aa  657    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  35.41 
 
 		 1153 aa  650    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1153 aa  647    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  37.7 
 
 		 1148 aa  648    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1159 aa  731    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0285  transcription-repair coupling factor  64.42 
 
 		 1197 aa  1473    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.493084 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1170 aa  670    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1165 aa  653    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1157 aa  636    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1176 aa  656    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  37.35 
 
 		 1168 aa  641    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1161 aa  686    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0910  transcription-repair coupling factor  59.75 
 
 		 1179 aa  1314    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  35.94 
 
 		 1151 aa  641    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  35.12 
 
 		 1177 aa  650    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  36.21 
 
 		 1150 aa  649    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  39.38 
 
 		 1158 aa  732    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1152 aa  2329    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  35.29 
 
 		 1159 aa  647    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1176 aa  658    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1260  transcription-repair coupling factor  63.47 
 
 		 1159 aa  1478    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.843901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1691  transcription-repair coupling factor  52.37 
 
 		 1153 aa  1167    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427142  normal  0.0220248 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1176 aa  658    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1171 aa  641    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  39.79 
 
 		 1157 aa  748    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1134 aa  644    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  34.7 
 
 		 1165 aa  638    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  36.39 
 
 		 1172 aa  636    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1978  transcription-repair coupling factor  36.71 
 
 		 1159 aa  653    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1155 aa  641    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 		 1164 aa  645    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1176 aa  657    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1173 aa  647    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  35.48 
 
 		 1178 aa  636    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1176 aa  654    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1148 aa  657    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1148 aa  645    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1176 aa  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  40.07 
 
 		 1157 aa  745    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1148 aa  647    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0988  transcription-repair coupling factor  53.76 
 
 		 1146 aa  1208    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.162068  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 		 1148 aa  646    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  39.37 
 
 		 1183 aa  651    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.07 
 
 		 1165 aa  649    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 		 1177 aa  653    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 		 1189 aa  716    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  40.31 
 
 		 1165 aa  739    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  38.94 
 
 		 1123 aa  651    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1148 aa  647    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 		 1177 aa  747    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  35.88 
 
 		 1179 aa  634  1e-180  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1617  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1147 aa  633  1e-180  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.89425  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  35.01 
 
 		 1160 aa  635  1e-180  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  35.25 
 
 		 1143 aa  634  1e-180  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 		 1162 aa  633  1e-180  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  36.53 
 
 		 1172 aa  634  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1176 aa  632  1e-179  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  35.88 
 
 		 1137 aa  631  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  36.42 
 
 		 1150 aa  631  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  36.22 
 
 		 1150 aa  627  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1157 aa  628  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1211 aa  626  1e-178  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1706  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1148 aa  626  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43136  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1211 aa  626  1e-178  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1211 aa  626  1e-178  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  38.58 
 
 		 1112 aa  628  1e-178  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  36.47 
 
 		 1155 aa  628  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  36.04 
 
 		 1171 aa  622  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  35.64 
 
 		 1163 aa  625  1e-177  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1148 aa  625  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  34.89 
 
 		 1153 aa  624  1e-177  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  35.8 
 
 		 1179 aa  623  1e-177  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003994  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1153 aa  623  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1148 aa  624  1e-177  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 		 1179 aa  624  1e-177  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  44.86 
 
 		 1169 aa  623  1e-177  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0109  transcription-repair coupling factor  36.45 
 
 		 1156 aa  625  1e-177  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.174112 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1157 aa  620  1e-176  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  34.5 
 
 		 1158 aa  619  1e-176  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1156 aa  621  1e-176  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  36.36 
 
 		 1168 aa  622  1e-176  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1156 aa  622  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.27 
 
 		 1160 aa  621  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  46.43 
 
 		 1197 aa  620  1e-176  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>