More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1260 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1164 aa  639    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0910  transcription-repair coupling factor  61.12 
 
 		 1179 aa  1384    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.57 
 
 		 1148 aa  645    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  37.96 
 
 		 1169 aa  657    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  38.61 
 
 		 1174 aa  707    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1176 aa  664    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  34.95 
 
 		 1207 aa  648    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 		 1148 aa  640    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 		 1150 aa  642    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1176 aa  664    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1178 aa  663    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1176 aa  664    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1153 aa  636    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  35.19 
 
 		 1153 aa  639    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.12 
 
 		 1157 aa  650    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  36.66 
 
 		 1155 aa  642    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1160 aa  652    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1172 aa  639    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 		 1188 aa  639    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  38.88 
 
 		 1150 aa  652    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0988  transcription-repair coupling factor  52.41 
 
 		 1146 aa  1159    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.162068  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1164 aa  639    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1148 aa  641    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1161 aa  674    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1148 aa  641    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1173 aa  640    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1176 aa  664    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1148 aa  637    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1170 aa  650    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  38.87 
 
 		 1158 aa  695    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  63.47 
 
 		 1152 aa  1498    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1176 aa  664    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1148 aa  639    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  35.5 
 
 		 1165 aa  637    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1617  transcription-repair coupling factor  36.27 
 
 		 1147 aa  638    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.89425  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1183 aa  676    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1148 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  35.59 
 
 		 1150 aa  640    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1177 aa  641    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  36.96 
 
 		 1171 aa  654    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  50.08 
 
 		 1157 aa  656    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1168 aa  647    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  41.48 
 
 		 1165 aa  716    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  37.7 
 
 		 1165 aa  698    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1691  transcription-repair coupling factor  51.75 
 
 		 1153 aa  1139    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427142  normal  0.0220248 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1179 aa  636    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1172 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 		 1150 aa  649    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  36.01 
 
 		 1150 aa  646    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.77 
 
 		 1168 aa  639    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  35.6 
 
 		 1179 aa  636    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.77 
 
 		 1168 aa  639    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1148 aa  641    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 		 1176 aa  661    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1148 aa  637    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0539  transcription-repair coupling factor  39.83 
 
 		 1116 aa  639    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0291296  hitchhiker  0.00000000346725 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1260  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1159 aa  2331    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.843901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  37.09 
 
 		 1157 aa  655    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 		 1167 aa  636    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1176 aa  662    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 		 1157 aa  639    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  34.63 
 
 		 1170 aa  672    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  38.78 
 
 		 1173 aa  676    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 		 1160 aa  639    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  36.36 
 
 		 1162 aa  637    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1178 aa  649    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1179 aa  652    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1148 aa  639    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0369  transcription-repair coupling factor  39.59 
 
 		 1149 aa  639    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  50.46 
 
 		 1157 aa  655    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36 
 
 		 1162 aa  641    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  36.73 
 
 		 1176 aa  663    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  35.93 
 
 		 1157 aa  650    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  48.22 
 
 		 1159 aa  647    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1176 aa  664    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  39.62 
 
 		 1189 aa  691    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0285  transcription-repair coupling factor  72.16 
 
 		 1197 aa  1625    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.493084 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  49.48 
 
 		 1177 aa  663    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1176 aa  640    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1148 aa  641    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  36.37 
 
 		 1176 aa  654    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1978  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1159 aa  655    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  37.39 
 
 		 1177 aa  653    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1148 aa  635  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.17 
 
 		 1148 aa  633  1e-180  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  50.55 
 
 		 1157 aa  635  1e-180  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  35.74 
 
 		 1169 aa  634  1e-180  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  36.11 
 
 		 1122 aa  635  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1164 aa  632  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1148 aa  635  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1148 aa  635  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  37.27 
 
 		 1148 aa  635  1e-180  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  34.5 
 
 		 1159 aa  633  1e-180  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 		 1160 aa  634  1e-180  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  34.64 
 
 		 1165 aa  633  1e-180  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1160 aa  635  1e-180  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1157 aa  635  1e-180  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.49 
 
 		 1153 aa  630  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  36.47 
 
 		 1172 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4676  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1200 aa  630  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>