91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1328 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  100 
 
 		 333 aa  687    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  34.49 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  35.97 
 
 		 348 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  33.84 
 
 		 335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  32.26 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  31.89 
 
 		 307 aa  137  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  32.13 
 
 		 382 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  28.93 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  28.7 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  35.64 
 
 		 197 aa  106  7e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  27.99 
 
 		 360 aa  90.1  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2418  phage integrase family protein  30.53 
 
 		 230 aa  89  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  27.46 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  26.84 
 
 		 370 aa  81.3  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  27.14 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  28.66 
 
 		 361 aa  80.5  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  28.12 
 
 		 359 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  26.95 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  28.32 
 
 		 383 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  27.65 
 
 		 373 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  26.18 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  26.18 
 
 		 426 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  25.91 
 
 		 421 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  30.17 
 
 		 389 aa  72  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  24.59 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  28.5 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  26.98 
 
 		 351 aa  69.3  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  25.49 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  24.76 
 
 		 341 aa  68.2  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3025  integrase family protein  34.78 
 
 		 351 aa  66.2  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.282849  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  27.67 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  24.88 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  25.88 
 
 		 362 aa  63.2  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  25.12 
 
 		 311 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  25.35 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  24.91 
 
 		 349 aa  61.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  28.57 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  26.3 
 
 		 353 aa  59.3  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  23.79 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  25.57 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  24.03 
 
 		 375 aa  57  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  27.43 
 
 		 389 aa  56.2  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  22.74 
 
 		 397 aa  55.5  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  24.05 
 
 		 356 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  22.59 
 
 		 292 aa  54.3  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  24.05 
 
 		 356 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  24.4 
 
 		 356 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  27.15 
 
 		 346 aa  53.1  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  26.14 
 
 		 164 aa  53.1  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  24.55 
 
 		 353 aa  52.8  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  24.75 
 
 		 368 aa  52.8  0.000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  27.73 
 
 		 125 aa  52.4  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  29.28 
 
 		 356 aa  52  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  27.41 
 
 		 330 aa  52.4  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2080  putative tyrosine recombinase  25.46 
 
 		 341 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.524732  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  24.05 
 
 		 359 aa  50.8  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2946  integrase  23.53 
 
 		 312 aa  50.4  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00837646  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  30.22 
 
 		 329 aa  50.4  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  25 
 
 		 251 aa  49.7  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0829  integrase  22.22 
 
 		 388 aa  49.3  0.00009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.141939  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  21.59 
 
 		 374 aa  48.9  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  23.46 
 
 		 344 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0688  phage integrase  29.73 
 
 		 228 aa  47.4  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000188097  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  24.15 
 
 		 340 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  23.64 
 
 		 347 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1378  integrase family protein  21.97 
 
 		 416 aa  46.6  0.0006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.545263  hitchhiker  0.00000000645491 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  33.33 
 
 		 337 aa  46.6  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  22.86 
 
 		 343 aa  46.2  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  21 
 
 		 388 aa  46.2  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  24.5 
 
 		 328 aa  45.8  0.0009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  40.91 
 
 		 347 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0656  Phage integrase  23.98 
 
 		 372 aa  45.8  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  43.18 
 
 		 351 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  22.69 
 
 		 335 aa  45.4  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  40.91 
 
 		 347 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0961  phage integrase family protein  23.24 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178489  normal  0.193987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  25.48 
 
 		 351 aa  44.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  35.42 
 
 		 413 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  29.73 
 
 		 312 aa  44.3  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  26.63 
 
 		 334 aa  44.3  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5625  integrase family protein  25 
 
 		 273 aa  43.9  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  24.32 
 
 		 454 aa  43.5  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1741  Phage integrase  24.88 
 
 		 278 aa  43.5  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  21.64 
 
 		 367 aa  43.1  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5613  hypothetical protein  25.58 
 
 		 273 aa  43.1  0.007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  29.63 
 
 		 332 aa  43.1  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  28.07 
 
 		 361 aa  42.7  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3849  phage integrase family protein  23.15 
 
 		 357 aa  42.7  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  25.58 
 
 		 327 aa  42.7  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  28 
 
 		 308 aa  42.7  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  20.3 
 
 		 337 aa  42.7  0.009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>