177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2080 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2080  putative tyrosine recombinase  100 
 
 		 341 aa  693    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.524732  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0961  phage integrase family protein  42.77 
 
 		 359 aa  259  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178489  normal  0.193987 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  39.05 
 
 		 348 aa  221  9e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0755  putative tyrosine recombinase  97.92 
 
 		 101 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.313446  normal  0.431565 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  34 
 
 		 370 aa  142  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  32.8 
 
 		 370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  30.65 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  32.24 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  33.22 
 
 		 367 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  33.45 
 
 		 426 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  32.34 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  33.57 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  35.19 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  31.63 
 
 		 359 aa  101  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  29.57 
 
 		 405 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  28.17 
 
 		 375 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  35.51 
 
 		 385 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  30.56 
 
 		 346 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  29.52 
 
 		 389 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  27.71 
 
 		 250 aa  86.7  5e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  31.78 
 
 		 344 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  28.24 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  31.58 
 
 		 361 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  26.37 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  28.87 
 
 		 361 aa  69.7  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3849  phage integrase family protein  27.68 
 
 		 357 aa  69.3  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  27.91 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0676  phage integrase family protein  31.41 
 
 		 363 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1968  integrase/recombinase  31.41 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  27.36 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  27.54 
 
 		 311 aa  62  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.56 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.22 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.22 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 318 aa  59.3  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  27.44 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  24.66 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  26.38 
 
 		 295 aa  54.3  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  27.5 
 
 		 373 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.18 
 
 		 317 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  24.68 
 
 		 295 aa  53.5  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  28.15 
 
 		 346 aa  53.5  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  24.07 
 
 		 341 aa  52.8  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  28.06 
 
 		 301 aa  52.8  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.64 
 
 		 345 aa  52.4  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.2 
 
 		 321 aa  52.8  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  24.31 
 
 		 303 aa  52.4  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  25.16 
 
 		 328 aa  52.4  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.75 
 
 		 302 aa  52  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 304 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  27.64 
 
 		 295 aa  52.4  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  27.71 
 
 		 310 aa  52.4  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  25.46 
 
 		 333 aa  51.2  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.18 
 
 		 314 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.59 
 
 		 325 aa  51.6  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  25.91 
 
 		 305 aa  50.8  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  24.65 
 
 		 294 aa  50.8  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  27.24 
 
 		 292 aa  50.8  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  24.74 
 
 		 341 aa  50.4  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  24.58 
 
 		 325 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  26.41 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 326 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.89 
 
 		 302 aa  50.1  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  25.82 
 
 		 305 aa  50.1  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  24.62 
 
 		 331 aa  50.1  0.00006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  26.89 
 
 		 309 aa  49.7  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  23.68 
 
 		 295 aa  49.7  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  28.81 
 
 		 321 aa  49.7  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  27.05 
 
 		 313 aa  49.7  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  27.78 
 
 		 295 aa  49.3  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 308 aa  48.5  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1519  integrase family protein  23.38 
 
 		 279 aa  48.9  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959361  decreased coverage  3.1361700000000003e-18 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  24.22 
 
 		 296 aa  49.3  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  23.72 
 
 		 335 aa  48.9  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.8 
 
 		 298 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 298 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 362 aa  48.9  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  22.32 
 
 		 299 aa  48.5  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  28.47 
 
 		 164 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  23.44 
 
 		 301 aa  48.1  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  26.07 
 
 		 315 aa  48.5  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  22.84 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.96 
 
 		 298 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  27.3 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  26.43 
 
 		 306 aa  48.1  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  22.84 
 
 		 307 aa  47.8  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  24.07 
 
 		 297 aa  47.8  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  33.75 
 
 		 299 aa  47.8  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 317 aa  47.8  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.03 
 
 		 305 aa  47.4  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  22.77 
 
 		 307 aa  47.4  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.85 
 
 		 298 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  23.04 
 
 		 274 aa  47  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  22.71 
 
 		 310 aa  47  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  25.99 
 
 		 293 aa  47  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  29.51 
 
 		 125 aa  47  0.0005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.85 
 
 		 298 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  29.88 
 
 		 308 aa  46.6  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.35 
 
 		 298 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.44 
 
 		 298 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>