125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1951 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  100 
 
 		 343 aa  710    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  72.3 
 
 		 297 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3849  phage integrase family protein  37.75 
 
 		 357 aa  233  4.0000000000000004e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  37.2 
 
 		 361 aa  219  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0676  phage integrase family protein  38.28 
 
 		 363 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1968  integrase/recombinase  39.35 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  32.66 
 
 		 370 aa  161  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  32.65 
 
 		 370 aa  161  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  27.11 
 
 		 367 aa  129  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  29.46 
 
 		 405 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  31.21 
 
 		 426 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  28.53 
 
 		 344 aa  119  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  31.98 
 
 		 359 aa  113  5e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  29.03 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  32.14 
 
 		 375 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  28.36 
 
 		 385 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  29.01 
 
 		 346 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  30.17 
 
 		 389 aa  99.4  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  28.04 
 
 		 344 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  27.43 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  26.69 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  26.99 
 
 		 362 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  26.01 
 
 		 335 aa  80.1  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  29.33 
 
 		 349 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  27.64 
 
 		 342 aa  73.6  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2080  putative tyrosine recombinase  27.91 
 
 		 341 aa  68.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.524732  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  29.84 
 
 		 349 aa  64.7  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  25.23 
 
 		 359 aa  63.9  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  26.47 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  25.9 
 
 		 348 aa  63.5  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  31.25 
 
 		 164 aa  61.6  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  24.48 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 125 aa  61.2  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  24.92 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  24.31 
 
 		 335 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  23.66 
 
 		 402 aa  57.4  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  26.01 
 
 		 382 aa  57.4  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  25.3 
 
 		 348 aa  55.8  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  24.07 
 
 		 421 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  26.29 
 
 		 351 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  29.01 
 
 		 278 aa  54.3  0.000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.61 
 
 		 300 aa  52.8  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  24.68 
 
 		 332 aa  52  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0989  integrase family protein  30 
 
 		 355 aa  52.8  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000138199  hitchhiker  0.00000000000000368709 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  24.18 
 
 		 344 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0585  integrase family protein  22.81 
 
 		 251 aa  50.8  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  25.74 
 
 		 360 aa  50.8  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3615  integrase family protein  32.32 
 
 		 638 aa  50.8  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00140934  normal  0.0339314 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  25.75 
 
 		 388 aa  50.4  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.53 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.53 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.53 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.53 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.53 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.4 
 
 		 302 aa  50.4  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0131  integrase family protein  25.35 
 
 		 312 aa  50.4  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.144823 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  27.27 
 
 		 197 aa  50.1  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  25.78 
 
 		 419 aa  49.7  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0569  integrase family protein  24 
 
 		 251 aa  49.7  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0286562 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  26.8 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  25.68 
 
 		 429 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.9 
 
 		 298 aa  47  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  23.9 
 
 		 298 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  25.11 
 
 		 305 aa  47.4  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  24.78 
 
 		 393 aa  47  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  23.9 
 
 		 298 aa  47  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.9 
 
 		 298 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.9 
 
 		 298 aa  47  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.9 
 
 		 298 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.9 
 
 		 298 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.9 
 
 		 298 aa  47.4  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  25.31 
 
 		 406 aa  47  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.41 
 
 		 298 aa  47  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  24.79 
 
 		 341 aa  46.6  0.0006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0961  phage integrase family protein  24.87 
 
 		 359 aa  46.2  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178489  normal  0.193987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  24.5 
 
 		 415 aa  46.6  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  24.56 
 
 		 361 aa  46.2  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  21.13 
 
 		 310 aa  46.2  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  22.86 
 
 		 333 aa  46.2  0.0009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3973  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.97 
 
 		 311 aa  45.8  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.556004  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4727  integrase family protein  28 
 
 		 608 aa  45.8  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.72 
 
 		 330 aa  45.4  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  24.45 
 
 		 308 aa  45.8  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2584  integrase family protein  28 
 
 		 608 aa  45.8  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  21.34 
 
 		 383 aa  45.8  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2671  integrase family protein  28 
 
 		 608 aa  45.8  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  24.15 
 
 		 414 aa  44.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0620  hypothetical protein  26.89 
 
 		 281 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0137294  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.97 
 
 		 302 aa  45.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  24.12 
 
 		 298 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  28.06 
 
 		 331 aa  45.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  28.06 
 
 		 331 aa  45.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.12 
 
 		 311 aa  44.7  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  33.33 
 
 		 354 aa  44.3  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  24.15 
 
 		 414 aa  43.9  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  25.81 
 
 		 295 aa  43.9  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  22.22 
 
 		 302 aa  43.9  0.004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 302 aa  43.9  0.004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  23.81 
 
 		 451 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  21.99 
 
 		 384 aa  43.9  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>