58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0961 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0961  phage integrase family protein  100 
 
 		 359 aa  731    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178489  normal  0.193987 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  47.31 
 
 		 348 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2080  putative tyrosine recombinase  42.77 
 
 		 341 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.524732  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  33.53 
 
 		 382 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  28.66 
 
 		 344 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  29.88 
 
 		 367 aa  109  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  30.95 
 
 		 389 aa  103  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  30.52 
 
 		 426 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  29.68 
 
 		 359 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  30.95 
 
 		 335 aa  97.8  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  32.52 
 
 		 250 aa  91.7  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  31.8 
 
 		 389 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  28.21 
 
 		 370 aa  86.3  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0755  putative tyrosine recombinase  47.78 
 
 		 101 aa  85.9  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.313446  normal  0.431565 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  28.21 
 
 		 370 aa  83.6  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  26.96 
 
 		 362 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  26.03 
 
 		 375 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  34.18 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  26.2 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  32.86 
 
 		 344 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  30.39 
 
 		 405 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  28.71 
 
 		 346 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  26.62 
 
 		 359 aa  65.1  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  24.54 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  24.73 
 
 		 373 aa  60.1  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  25.37 
 
 		 360 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  23.98 
 
 		 297 aa  54.7  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  25.1 
 
 		 335 aa  53.9  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  23.58 
 
 		 296 aa  51.6  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  22.94 
 
 		 314 aa  50.1  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  23.63 
 
 		 303 aa  50.1  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  29.31 
 
 		 361 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  25.15 
 
 		 361 aa  48.5  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  36.36 
 
 		 324 aa  47  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  36.36 
 
 		 324 aa  47  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  36.36 
 
 		 324 aa  47  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  24.59 
 
 		 349 aa  47  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  22.63 
 
 		 292 aa  46.6  0.0006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3849  phage integrase family protein  25.73 
 
 		 357 aa  46.6  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1968  integrase/recombinase  26.94 
 
 		 296 aa  46.6  0.0007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  27.63 
 
 		 197 aa  46.6  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  24.87 
 
 		 343 aa  46.2  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  31.21 
 
 		 164 aa  46.2  0.0008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  23.24 
 
 		 333 aa  45.8  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  21.56 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  23.02 
 
 		 307 aa  46.2  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0676  phage integrase family protein  26.94 
 
 		 363 aa  45.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  34.4 
 
 		 125 aa  45.8  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.15 
 
 		 299 aa  45.1  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  25.39 
 
 		 306 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  24.78 
 
 		 310 aa  45.1  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  23.85 
 
 		 307 aa  44.7  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  26.13 
 
 		 318 aa  44.3  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  22.93 
 
 		 349 aa  43.9  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  28.37 
 
 		 293 aa  43.9  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0936  phage integrase family protein  29.85 
 
 		 168 aa  43.5  0.006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0566684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  25.45 
 
 		 300 aa  43.5  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  23.7 
 
 		 301 aa  42.7  0.01  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>