201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3588 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  100 
 
 
197 aa  407  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  40.85 
 
 
335 aa  113  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  35.64 
 
 
333 aa  106  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  33.33 
 
 
307 aa  98.2  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  41.1 
 
 
344 aa  89.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  32.94 
 
 
336 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  38.36 
 
 
382 aa  82.4  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2418  phage integrase family protein  30.48 
 
 
230 aa  80.9  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  33.99 
 
 
367 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  32.87 
 
 
426 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  36.07 
 
 
349 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  29.41 
 
 
347 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  29.41 
 
 
347 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  28.88 
 
 
351 aa  67.8  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  25 
 
 
413 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  31.62 
 
 
360 aa  67.4  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  33.77 
 
 
370 aa  66.6  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  27.72 
 
 
351 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  33.11 
 
 
370 aa  65.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  34.01 
 
 
362 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  34.01 
 
 
294 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  32.17 
 
 
361 aa  63.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0808  integrase family protein  31.85 
 
 
339 aa  62.8  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0894  phage-related integrase  32.48 
 
 
339 aa  63.2  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0429  phage-related integrase  32.48 
 
 
339 aa  62.8  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  32.86 
 
 
335 aa  62.8  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1340  phage-related integrase  32.48 
 
 
339 aa  62.8  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0376  integrase family protein  31.41 
 
 
339 aa  62.4  0.000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1212  integrase family protein  31.85 
 
 
339 aa  61.2  0.000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.225164  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  28.96 
 
 
356 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  28.96 
 
 
356 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  30.15 
 
 
373 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  31.43 
 
 
415 aa  59.7  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2846  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.77 
 
 
344 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0361729 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2946  integrase  27.72 
 
 
312 aa  58.5  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00837646  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  34.29 
 
 
342 aa  58.5  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  28.42 
 
 
356 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  28.36 
 
 
340 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2832  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.77 
 
 
344 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206304  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  33.33 
 
 
349 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12908  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 
298 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000436053  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  27.98 
 
 
340 aa  57  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  30.88 
 
 
381 aa  57  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  30.46 
 
 
389 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  32.62 
 
 
344 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  27.03 
 
 
354 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  25.19 
 
 
336 aa  55.5  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1275  integrase family protein  30.13 
 
 
339 aa  55.5  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  32.12 
 
 
251 aa  55.1  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  30.08 
 
 
360 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  27.13 
 
 
421 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  29.81 
 
 
348 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  29.08 
 
 
327 aa  54.3  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  30.61 
 
 
389 aa  53.9  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  31.08 
 
 
348 aa  54.3  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.41 
 
 
367 aa  54.3  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  27.01 
 
 
347 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1741  Phage integrase  29.76 
 
 
278 aa  53.5  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  29.41 
 
 
405 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  25.57 
 
 
332 aa  53.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  25.32 
 
 
334 aa  52.8  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  27.48 
 
 
359 aa  52.8  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  30.22 
 
 
417 aa  52.4  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1185  phage-related integrase  30 
 
 
339 aa  52  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  24.06 
 
 
334 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  27.74 
 
 
375 aa  52.4  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  29.24 
 
 
388 aa  52  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  28.28 
 
 
361 aa  51.6  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  30.43 
 
 
125 aa  52  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  28.15 
 
 
292 aa  51.6  0.000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1083  integrase family protein  28.66 
 
 
339 aa  51.2  0.000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000439188  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  28.47 
 
 
164 aa  51.2  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  24.12 
 
 
375 aa  50.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  27.01 
 
 
398 aa  50.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  28.8 
 
 
374 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  27.27 
 
 
353 aa  50.1  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  32.59 
 
 
383 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  27.27 
 
 
343 aa  50.1  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  24.14 
 
 
338 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.41 
 
 
355 aa  49.7  0.00003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  23.48 
 
 
327 aa  49.7  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1227  integrase family protein  24.34 
 
 
305 aa  48.9  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.842173  decreased coverage  0.000216705 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  27.27 
 
 
330 aa  48.9  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0089  phage integrase family protein  30 
 
 
400 aa  48.5  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  27.45 
 
 
339 aa  48.5  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3047  phage integrase  24.36 
 
 
381 aa  48.5  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.182322  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  30.67 
 
 
351 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  22.64 
 
 
395 aa  48.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.87 
 
 
300 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.87 
 
 
300 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  27.14 
 
 
374 aa  48.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.87 
 
 
300 aa  48.1  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  21.67 
 
 
204 aa  48.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  28.06 
 
 
353 aa  48.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  27.92 
 
 
308 aa  47.8  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2023  phage integrase  25.64 
 
 
359 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.280518  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0447  phage integrase  24.71 
 
 
381 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0926  phage integrase family protein  24.71 
 
 
381 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  25 
 
 
380 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1283  phage integrase family protein  21.68 
 
 
304 aa  47.8  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000135681  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>