249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0886 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  100 
 
 		 349 aa  710    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  65.31 
 
 		 349 aa  457  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  50.43 
 
 		 373 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  50.89 
 
 		 360 aa  323  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  50.3 
 
 		 360 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  43.68 
 
 		 346 aa  273  4.0000000000000004e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  41.46 
 
 		 345 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  41.72 
 
 		 344 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  37.7 
 
 		 383 aa  200  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  37.04 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  36.73 
 
 		 341 aa  190  4e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3025  integrase family protein  33.73 
 
 		 351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.282849  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  29.47 
 
 		 344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0136  putative integrase for prophage CP-933U  31.2 
 
 		 277 aa  107  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.872281  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0617  phage integrase  29.43 
 
 		 383 aa  104  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2301  integrase protein  28 
 
 		 329 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.054386  hitchhiker  1.04073e-17 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  27.5 
 
 		 341 aa  103  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  27.09 
 
 		 421 aa  100  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  26.25 
 
 		 359 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  29.63 
 
 		 351 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2250  phage integrase family site specific recombinase  27.41 
 
 		 338 aa  92.8  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.150880000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2257  phage integrase family site specific recombinase  25.44 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  29.08 
 
 		 346 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  29.93 
 
 		 370 aa  85.5  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  24.9 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  26.33 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  27.66 
 
 		 382 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  29.97 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4875  integrase family protein  29.41 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.446933  hitchhiker  0.00171454 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  29.64 
 
 		 385 aa  79.3  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  25.17 
 
 		 333 aa  78.2  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  24.48 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  24.29 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  23.66 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2355  phage integrase family site specific recombinase  25.93 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  28.34 
 
 		 344 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  25.82 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  28.16 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  24.36 
 
 		 367 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  28.37 
 
 		 359 aa  72.8  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  25.57 
 
 		 326 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  28.57 
 
 		 325 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  23.34 
 
 		 335 aa  72.4  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  26.14 
 
 		 361 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4708  integrase family protein  40 
 
 		 342 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.014031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  35.53 
 
 		 330 aa  71.2  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  29.84 
 
 		 343 aa  70.1  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  24.32 
 
 		 411 aa  69.7  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  31.55 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  34.84 
 
 		 353 aa  67.8  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1741  Phage integrase  33.71 
 
 		 278 aa  67  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  36.92 
 
 		 339 aa  67  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  24.41 
 
 		 405 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  29.27 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  33.08 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  30.37 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  26.04 
 
 		 362 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  25.95 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  23.58 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  29.57 
 
 		 365 aa  63.9  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2096  phage integrase family protein  27.06 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635069  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  26.21 
 
 		 342 aa  64.3  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  28.75 
 
 		 321 aa  63.5  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0995  phage integrase family protein  26.14 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0268254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  25.11 
 
 		 337 aa  62.8  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  30.72 
 
 		 374 aa  62.8  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  33.56 
 
 		 380 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  27.8 
 
 		 347 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  27.8 
 
 		 347 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  22.48 
 
 		 375 aa  62  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  31.39 
 
 		 374 aa  61.6  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  24.75 
 
 		 426 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  34.43 
 
 		 197 aa  62  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  31.39 
 
 		 374 aa  61.2  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2846  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  27.08 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0361729 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3805  integrase  30.99 
 
 		 332 aa  60.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  30.25 
 
 		 172 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1185  phage-related integrase  30 
 
 		 339 aa  60.1  0.00000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  31.4 
 
 		 431 aa  60.1  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  25.21 
 
 		 356 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  26.47 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  25.21 
 
 		 356 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  25.21 
 
 		 356 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  30.83 
 
 		 375 aa  59.3  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  26.92 
 
 		 354 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  31.21 
 
 		 159 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  24.62 
 
 		 340 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  24.45 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  31.67 
 
 		 328 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  27.6 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2832  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  27.08 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206304  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  30.64 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  26.55 
 
 		 359 aa  57.8  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1111  phage integrase family protein  32.05 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2415  phage integrase family site specific recombinase  29.38 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  22.79 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  24.45 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  31.75 
 
 		 395 aa  57.4  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  22.61 
 
 		 397 aa  57  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1249  integrase family protein  25.3 
 
 		 388 aa  57  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.447999  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>