158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0275 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  100 
 
 
359 aa  741    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  66.94 
 
 
370 aa  506  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  66.76 
 
 
370 aa  495  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  61.01 
 
 
389 aa  397  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  50.72 
 
 
405 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  46.55 
 
 
367 aa  295  7e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  46.63 
 
 
426 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  39.76 
 
 
344 aa  246  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  42.73 
 
 
346 aa  210  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  39.7 
 
 
385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  38.74 
 
 
344 aa  192  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  41.28 
 
 
389 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  32.94 
 
 
375 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  35.24 
 
 
362 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  34.53 
 
 
294 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  32.54 
 
 
382 aa  146  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3849  phage integrase family protein  31.55 
 
 
357 aa  145  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  31.98 
 
 
343 aa  139  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2080  putative tyrosine recombinase  35.19 
 
 
341 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.524732  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  30.89 
 
 
361 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  29.84 
 
 
359 aa  123  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  33.05 
 
 
297 aa  122  8e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  31.27 
 
 
335 aa  120  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  32.28 
 
 
250 aa  119  7e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0676  phage integrase family protein  32.94 
 
 
363 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1968  integrase/recombinase  36.24 
 
 
296 aa  106  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  28.7 
 
 
333 aa  101  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  30.1 
 
 
349 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  29.17 
 
 
344 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  27.18 
 
 
348 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  28.31 
 
 
335 aa  94  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0961  phage integrase family protein  26.62 
 
 
359 aa  90.1  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178489  normal  0.193987 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  28.75 
 
 
361 aa  90.1  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  27.12 
 
 
307 aa  89.4  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  26.56 
 
 
311 aa  83.2  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  26.36 
 
 
349 aa  83.2  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  26.54 
 
 
341 aa  82.4  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  26.39 
 
 
342 aa  80.5  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  27.41 
 
 
351 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  27.46 
 
 
360 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  28.85 
 
 
346 aa  75.5  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  28.51 
 
 
325 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  27.23 
 
 
326 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3082  phage integrase family protein  29.36 
 
 
437 aa  72.8  0.000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  28.01 
 
 
373 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  25.39 
 
 
345 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  37.76 
 
 
164 aa  70.5  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  38.53 
 
 
125 aa  68.9  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  26.09 
 
 
348 aa  66.2  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  32.67 
 
 
197 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  25.85 
 
 
421 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0755  putative tyrosine recombinase  42.53 
 
 
101 aa  63.2  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.313446  normal  0.431565 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  27.12 
 
 
360 aa  63.2  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  28.32 
 
 
353 aa  62.8  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1741  Phage integrase  29.55 
 
 
278 aa  62.4  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  25.25 
 
 
331 aa  59.7  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  25.25 
 
 
331 aa  59.7  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  31.58 
 
 
340 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3025  integrase family protein  28.18 
 
 
351 aa  57  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.282849  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  23.98 
 
 
383 aa  56.2  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal 
 
 
-
 
NC_002182  TCA02  virulence plasmid integrase pGP8-D  31.21 
 
 
340 aa  56.2  0.0000009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2279  Phage integrase  28.88 
 
 
414 aa  55.1  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0066545  normal  0.0551798 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  29.32 
 
 
347 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  26.34 
 
 
283 aa  53.9  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0562  integrase/recombinase  21.84 
 
 
308 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0843058  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  25.31 
 
 
439 aa  53.1  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0617  phage integrase  26.39 
 
 
383 aa  52.8  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1761  integrase family protein  23.01 
 
 
361 aa  52.4  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  25.69 
 
 
322 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  23.5 
 
 
414 aa  51.2  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  22.09 
 
 
433 aa  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  23.2 
 
 
427 aa  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  23.25 
 
 
341 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  23.5 
 
 
414 aa  51.2  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  24.91 
 
 
359 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  23.79 
 
 
338 aa  51.2  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3913  phage integrase family protein  27.33 
 
 
387 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126543  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2416  integrase family protein  25.84 
 
 
443 aa  50.4  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4875  integrase family protein  25.75 
 
 
368 aa  50.4  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.446933  hitchhiker  0.00171454 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  22.71 
 
 
293 aa  49.7  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  42.65 
 
 
300 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2060  phage integrase family protein  25.37 
 
 
345 aa  48.5  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00257719  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2097  phage integrase family protein  25.37 
 
 
345 aa  48.5  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0806496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  25.9 
 
 
338 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  30.5 
 
 
354 aa  47.8  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  27.42 
 
 
310 aa  47.8  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  23.57 
 
 
399 aa  47.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  22.17 
 
 
463 aa  47.8  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0910  putative integrase  34.04 
 
 
95 aa  47.8  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.690439  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  26.19 
 
 
338 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  23.88 
 
 
415 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0800  Phage integrase  21.35 
 
 
369 aa  47.4  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.64955  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  24.42 
 
 
285 aa  47.4  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  27.11 
 
 
286 aa  47.4  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  29.61 
 
 
334 aa  47  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  23.87 
 
 
390 aa  47  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  25.48 
 
 
538 aa  47  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  30.6 
 
 
395 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  27.27 
 
 
413 aa  46.6  0.0007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  22.97 
 
 
399 aa  46.6  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>