162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6147 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6147  Integrase  100 
 
 		 344 aa  719    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  39.88 
 
 		 370 aa  238  8e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  39 
 
 		 370 aa  232  8.000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  40.3 
 
 		 367 aa  229  5e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  39.57 
 
 		 426 aa  212  7e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  39.76 
 
 		 359 aa  210  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  39.08 
 
 		 382 aa  206  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  36.31 
 
 		 405 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  33.72 
 
 		 389 aa  180  4e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  36.71 
 
 		 359 aa  180  4e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  34.83 
 
 		 362 aa  162  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  40.59 
 
 		 389 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  35.01 
 
 		 346 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  33.93 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  31.4 
 
 		 375 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  34.41 
 
 		 294 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2080  putative tyrosine recombinase  30.65 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.524732  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  32.74 
 
 		 344 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  31.6 
 
 		 348 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0961  phage integrase family protein  28.66 
 
 		 359 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178489  normal  0.193987 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  28.53 
 
 		 343 aa  119  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  29.82 
 
 		 297 aa  116  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  28.93 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  28.35 
 
 		 342 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  27.44 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  26.77 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3849  phage integrase family protein  28.26 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  32.91 
 
 		 250 aa  99  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  26.65 
 
 		 421 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  29.01 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  33.97 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0676  phage integrase family protein  34.45 
 
 		 363 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1968  integrase/recombinase  34.45 
 
 		 296 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  41.1 
 
 		 197 aa  89.7  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  25.33 
 
 		 335 aa  89.4  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  26.73 
 
 		 349 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  27.38 
 
 		 351 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  28.83 
 
 		 349 aa  87.4  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  29.55 
 
 		 361 aa  87  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  27.06 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  28.21 
 
 		 388 aa  84  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  25.96 
 
 		 348 aa  83.2  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  27.32 
 
 		 383 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  23.44 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  25.89 
 
 		 346 aa  79.7  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  37.04 
 
 		 164 aa  76.6  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  26.05 
 
 		 373 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  38.39 
 
 		 125 aa  75.9  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  24.03 
 
 		 353 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  25.19 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  25.19 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  26.45 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1741  Phage integrase  28.51 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  26.39 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  23.74 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  23.4 
 
 		 311 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0755  putative tyrosine recombinase  37.21 
 
 		 101 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.313446  normal  0.431565 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  31.43 
 
 		 351 aa  54.3  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2625  phage integrase family protein  22.4 
 
 		 400 aa  52  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  28.3 
 
 		 351 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.3 
 
 		 324 aa  51.6  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  25.71 
 
 		 311 aa  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  29.05 
 
 		 300 aa  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  28.79 
 
 		 340 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0995  phage integrase family protein  25.98 
 
 		 324 aa  50.8  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0268254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  27.04 
 
 		 299 aa  50.8  0.00003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  24.16 
 
 		 296 aa  50.4  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  22.22 
 
 		 395 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3827  integrase family protein  23.64 
 
 		 354 aa  49.7  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.730502  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  25 
 
 		 375 aa  49.7  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  24.17 
 
 		 325 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1426  site-specific recombinase, phage integrase family  24.73 
 
 		 376 aa  48.5  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0270724  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  26.32 
 
 		 413 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2946  integrase  22.54 
 
 		 312 aa  47.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00837646  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  23.53 
 
 		 251 aa  47.4  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0562  integrase/recombinase  20.88 
 
 		 308 aa  47  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0843058  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  28.47 
 
 		 417 aa  47.4  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  24.03 
 
 		 397 aa  47.4  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  21.46 
 
 		 326 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3178  site-specific recombinase, phage integrase family  38.67 
 
 		 376 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0439431  hitchhiker  0.000000000000369688 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1744  site-specific recombinase, phage integrase family  38.67 
 
 		 376 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000266789  hitchhiker  0.000213416 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  27.54 
 
 		 347 aa  46.6  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  27.54 
 
 		 347 aa  46.6  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1821  site-specific recombinase, phage integrase family  38.67 
 
 		 376 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0160439  hitchhiker  0.00000000000638112 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1415  phage integrase family site specific recombinase  40 
 
 		 376 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0278227  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.75 
 
 		 301 aa  46.6  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  24.71 
 
 		 310 aa  46.6  0.0007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  21.36 
 
 		 336 aa  46.6  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  22.83 
 
 		 345 aa  46.2  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3108  integrase family protein  22.09 
 
 		 292 aa  46.2  0.0008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000512092  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3350  integrase  28.74 
 
 		 308 aa  46.2  0.0008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00359362  decreased coverage  0.00980373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  24.43 
 
 		 376 aa  46.2  0.0009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  24.62 
 
 		 294 aa  46.2  0.0009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1532  phage integrase, putative  25.84 
 
 		 368 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.697393  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  24.43 
 
 		 376 aa  45.4  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0136  putative integrase for prophage CP-933U  25.95 
 
 		 277 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.872281  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  26.11 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3470  integrase family protein  26.54 
 
 		 182 aa  45.4  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  28.09 
 
 		 380 aa  45.8  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  24.35 
 
 		 282 aa  45.4  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>